“资源与工具” 分类下的文章

New Bay of Life Sciences

by mile on 10月 6, 2008

Boss的桌上放着一本小册子,一看,写着《美国著名生命科学研究机构调查分析报告》,乃是信息中心编制的,为生科院发展提供借鉴。以在加州生物谷的三个著名研究所—Burnham医学研究所,Scripps研究所和Salk研究所为例,分析了他们的创立发展和壮大的经过。我有个师兄去年去了Salk,我之前一直以为Salk就是UCSD下面的一个institute,那天同他聊天,才发现不是这样。看来我对本行业的情况了解是很可怜的。看过这本小册子,我也knowledge+1了。

粗粗比较了一下,看上去Scripps研究所的实力和经费是最强的。 三个研究所里,它规模最大,总共有3000多人,教授270名,postdoc有800多名,3位nobel winner。最显要的是,他的经费来源并不过分依赖于NIH的grants。它们很早就开始了与工业界的合作发展。1982年,他们与强生公司开展合作,签署了长达15年的合作协议,涉及金额1000万美元 per year;在1985年,他们又与PPG工业集团商业结盟,研究所获得巨大的扩展。1986年,它从NIH获得3900万美元的资助后,就成了全美最大的私立“独立,非赢利生物医学研究中心”。此后的1992年,Scripps研究所与瑞士制药企业Sandoz AG达成10年3亿美金的合作协议,从97年1月起,Sandoz AG开始资助Scripps研究所,并获得Scripps研究所研究成功的优先转化权。2003年,佛罗里达州邀请Scripps研究所在Florida南部的棕榈滩(Palm Beach County)建立第二个研究所(第一个是Burnham在佛罗里达建立的分支机构,位于Lake Nona, Orlando, Florida,工程将于09年初竣工,计划10年内招聘300名scientist)。

利用 Dropbox 让 Zotero 在多台电脑间同步

by Yan on 9月 27, 2008

Zotero,一个 FireFox 浏览器扩展,帮助收集、管理、和引用研究资料[介绍]。

Dropbox,一个在线存储,同步,分享服务[介绍]。

前面说道 Zotero 收集下来的资料,只是放在本地,不能同步到另一台电脑,不太方便。现在 Zotero 正在测试一个新的可同步版本 1.5

其实,也可以通过别的办法来让 zotero 实现同步的,比如 Zotero + Dropbox

1、先安装 Dropbox,它会在你电脑里建立一个 Dropbox 文件夹(Windows 下缺省叫 My Dropbox);
2、在 Firefox 里安装 Zotero,完成后进入配置,把存储位置设为自定义,选择 Dropbox 下一个目录;
3、完成。

如果你之前已经在用 Zotero,把它的数据库和存储目录复制到新位置就可以了。

BioPythonGUI: Graphical User Interface for BioPython

by Yan on 9月 16, 2008

quwubin iG 介绍了他的项目 BioPythonGUI

BioPython is a widely used python module set in bioinformatics. It help researchers:

1. Parsing files in different database formats
2. Interfaces into programs like Blast, Entrez and PubMed
3. A sequence class (can transcribe, translate, invert, etc)
4. Code for handling alignments of sequences
5. Clustering algorithms

However, it’s not everyone can use the BioPython, especially ones who do not know much about the programming. How can you expect a professor who never known about any programming to use BioPython to parse the BLAST report file? This is the problem which the BioPythonGUI would solve. I started the project with the goal “Everyone can use BioPython with BioPythonGUI“.

如果你想参加一起开发,请与他联系 [quwubin AT gmail.com]。

好似 python 在生物物理圈子里运用挺广的。

我也挺想学着用 python 的,顺便问一句:有没有现成的解偏微分方程组的 python 模块?

再顺便提一下:iG 刚刚升级到 UCenter Home 1.5 rc2,新增的功能里面有个 manyou 平台,通过它第三方网站可以开发自己的应用,像 FaceBook 一样。目前已经有一些应用了,我试了试读书,电影,词典,投票,等等。确实给这个平台提供了不少花样。

CERN 的 webcast

by Yan on 9月 9, 2008

大型强子对撞器(LHC) 明早(北京时间 15 点)就要启动了,看看地球会不会被人类制造的小黑洞吸进去吧。:)

欧洲核子研究组织(CERN)的 WEBCAST,到时应该有直播吧。

紧急啊~~求助

by JoyceZhj on 7月 5, 2008

最近,新学了一个数学软件,叫Mathematica(应该没打错吧)!谁精通的?可以帮帮我么?我的qq号是406495292,先谢过了