BioPythonGUI: Graphical User Interface for BioPython

by Yan on 9月 16, 2008

quwubin iG 介绍了他的项目 BioPythonGUI

BioPython is a widely used python module set in bioinformatics. It help researchers:

1. Parsing files in different database formats
2. Interfaces into programs like Blast, Entrez and PubMed
3. A sequence class (can transcribe, translate, invert, etc)
4. Code for handling alignments of sequences
5. Clustering algorithms

However, it’s not everyone can use the BioPython, especially ones who do not know much about the programming. How can you expect a professor who never known about any programming to use BioPython to parse the BLAST report file? This is the problem which the BioPythonGUI would solve. I started the project with the goal “Everyone can use BioPython with BioPythonGUI“.

如果你想参加一起开发,请与他联系 [quwubin AT gmail.com]。

好似 python 在生物物理圈子里运用挺广的。

我也挺想学着用 python 的,顺便问一句:有没有现成的解偏微分方程组的 python 模块?

再顺便提一下:iG 刚刚升级到 UCenter Home 1.5 rc2,新增的功能里面有个 manyou 平台,通过它第三方网站可以开发自己的应用,像 FaceBook 一样。目前已经有一些应用了,我试了试读书,电影,词典,投票,等等。确实给这个平台提供了不少花样。

CERN 的 webcast

by Yan on 9月 9, 2008

大型强子对撞器(LHC) 明早(北京时间 15 点)就要启动了,看看地球会不会被人类制造的小黑洞吸进去吧。:)

欧洲核子研究组织(CERN)的 WEBCAST,到时应该有直播吧。

Mememoir: A Better Wiki For Science

by Yan on 9月 6, 2008

WikiGenes 是一个关于基因、化学物质、病理等等的 Wiki,它背后的系统叫 Mememoir。Mememoir 与 WikiPedia 背后的系统 WikiMedia 的主要不同在于,它着重集体写作的 wiki 文章的署名问题。从《自然》杂志上的文章这个演示视频看到,文章中的每个词都链接到具体作者。WikiMedia 通过历史记录原则上也做到了这点,但没有 Mememoir 那么直观。除此之外一个重要特点是引入了针对作者的评价系统。

Solidot 的介绍:

科学界的Wiki——Mememoir 是一个全新的 Wiki,目前以 WikiGenes wiki 的形式进行开发。Wikigenes (Mememoir )是一个基因信息数据库,由 MIT 的访问学者,瑞士人 Robert Hoffmann 开发。对学术界的科学家来说,著述是他们的生命。在 Wiki 发表学术文章短期内未必会对他们的职称有多大影响,但 Mememoir 多少可以让作者出众,另外,Mememoir 还可以让读者对作者及其文章打分。Mememoir 的开发者还寻求将 Mememoir 开源的可能,Robert Hoffmann 说,这是后期会考虑事,目前正集中精力运行 Wikigenes 项目。 “

视频版本的元素周期表

by Yan on 8月 22, 2008

The Periodic Table of Videos,诺丁汉大学制作的一个网站 ,给元素周期表上每个元素配上一个视频讲解。

比如下面这个是 H

专利的重要性

by Yan on 8月 6, 2008

Nature Precedings 看到这个讲演稿,原本是在自然杂志在第二人生的据点做的报告,目的是向科学工作者们讲解专利的重要性,以及一些基本的专利知识。

如果是做应用研究,到一定阶段总会遇到专利的问题,有必要先有所了解。专利为啥重要,当然是钱、钱、钱,呵呵。所以也不难理解,为什么有时候显得那么讨厌。但,整体来说,对科技进步还是有促进作用的。