最近从windows迁到ubuntu，其中很多软件都不一样了。

一一更新，发现以很多软件的功能不比windows差，甚至更强，但是要熟悉起来要花不少的时间。在安装的过程，google了很多文章介绍，但是经常是一些过期的文章，针对过期的版本，或者过期的操作系统，看了以后安装了，结果反而是不对的。非常的遗憾。
所以找资料的时候，要看好是版本，系统，或者有没有更全面的文章。

我的系统是ubuntu 7.10
先列一下我安装的软件列表：
综合性的软件有以下的：
openoffice.org
GIMP
DIA
pidgin
emacs
mysql
pdfedit
acrobat reader
综合性软件大部分安装都很顺利，其中pidgin好象是自己编译的。其它都是
sudo apt-get install xxxx

生物专业的软件：
bioperl
emboss(Jemboss)
staden package
blast
clustal
R
texLive2007(kile)
emacs
其中texLive是以前下的，在windows下安装用的是同一张光盘。

R的安装参考：
http://www.xxlinux.com/linux/article/accidence/install/20070704/8946.html

要注意的是emboss和staden二个软件。
其中emboss的安装，因为需要Jemboss所以下了以后在jemboss的文件夹里有安装文件的。在EMBOSS-5.0.0/jemboss/utils下有一个叫install-jemboss-server.sh的文件，安装一步一步下来就行了。每一步的参考在jemboss的上有介绍。

staden其实是不用安装的。只要下载了就可以直接运行，不过要设置运行的时选项。