我们现有的物理理论，在当今所遇到的困难，似乎比上个世纪初的情形要严重。已成为主流的理论部分，也是困难重重。
下面将把当今物理学的主要困难罗列一下，供大家参考。
1、上世纪六十年代发现的类星体之谜，到现在无任何进展。
2、所有的粒子，都有自己的反粒子。而在我们的世界中，物质与反物质，为何如此不对称？
3、宇宙大爆炸理论可以说，是矮个里挑出的武大郎。它的问题多过它成立的证据。
大爆炸理论的有利证据主要是三个：膨胀的宇宙、3K微波背景辐射和氦的丰度。再来看大爆炸理论的问题：（1）宇宙的年龄计算与实际不符，导致银河系的年龄比宇宙的大。（2）据报道，最远的类星体距离我们200亿光年。就是说，它发光时，我们的宇宙还没起爆！那这样的话，类星体是否还包括在我们定义的大爆炸宇宙内？（3）现代物理论学中，对理论中出现的奇点，被称之为灾难，而这个理论也就该倒下了。但是，我们却允许我们的宇宙来自于一个奇点（盖莫夫创立时，用的是原始火球）！？为何不对这个奇点也来个重整化？（4）宇宙大爆炸理论，可以说，是个物质创生的理论。所以，在本质上，它与物理学中的金科玉律——能量守恒定律是冲突的。（5）要说清楚大爆炸奇点的来源，也是一大困难，如此等等。
4、关于相互作用力的大统一理论，似乎很有希望。但就目前看，还一眼望不到头。所以，统一之路，到底还有多长？我觉得，大统一理论，已走上了“形而上学”之路。从电磁统一，到弱电统一，已让人觉得：自然力的大统一，已经是必然之路了，没有第二条道可走。另一方面，大统一理论对于象“自然界中的相互作用力为何是四种，并且正好是两种远程和两种短程相互作用力？是什么原因导致出现如此巧合而美妙的情形？”这样的问题，并不能去解答。对如此重要的问题，现有的理论为何不去追寻？所以，大统一理论未必就是最终的，符合自然的规律，可能只是人们的一相情愿，只是并留下了一堆没有物理意义的数学公式而已。
5、中微子之谜还没有破解。