http://gezhi.org/taxonomy/term/836 The taxonomy view with a depth of 0. zh-hans http://gezhi.org/node/887 <p>最近从windows迁到ubuntu，其中很多软件都不一样了。</p> <p>一一更新，发现以很多软件的功能不比windows差，甚至更强，但是要熟悉起来要花不少的时间。在安装的过程，google了很多文章介绍，但是经常是一些过期的文章，针对过期的版本，或者过期的操作系统，看了以后安装了，结果反而是不对的。非常的遗憾。<br /> 所以找资料的时候，要看好是版本，系统，或者有没有更全面的文章。</p> <p>我的系统是ubuntu 7.10<br /> 先列一下我安装的软件列表：<br /> 综合性的软件有以下的：<br /> openoffice.org<br /> GIMP<br /> DIA<br /> pidgin<br /> emacs<br /> mysql<br /> pdfedit<br /> acrobat reader<br /> 综合性软件大部分安装都很顺利，其中pidgin好象是自己编译的。其它都是<br /> sudo apt-get install xxxx</p> <p>生物专业的软件：<br /> bioperl<br /> emboss(Jemboss)<br /> staden package<br /> blast<br /> clustal<br /> R<br /> texLive2007(kile)<br /> emacs<br /> 其中texLive是以前下的，在windows下安装用的是同一张光盘。</p> <p>R的安装参考：<br /> http://www.xxlinux.com/linux/article/accidence/install/20070704/8946.html</p> <p>要注意的是emboss和staden二个软件。<br /> 其中emboss的安装，因为需要Jemboss所以下了以后在jemboss的文件夹里有安装文件的。在EMBOSS-5.0.0/jemboss/utils下有一个叫install-jemboss-server.sh的文件，安装一步一步下来就行了。每一步的参考在jemboss的上有介绍。</p> <p>staden其实是不用安装的。只要下载了就可以直接运行，不过要设置运行的时选项。</p> http://gezhi.org/node/887#comments ubuntu staden emboss bioperl Mon, 18 Feb 2008 03:29:32 -0800 huwenhuo 887 at http://gezhi.org