网络与科学

iResearch

Yan — Sun, 25 Oct 2009 14:15:48 -0700

注意到美国物理学会（AIP）推出了一个 iPhone/Touch 应用，iResearch：

iResearch is an offline e-reader that enables users to save PDF files locally to their device and view them offline without a Wifi or cellular connection. Users navigate through the journals, the volumes and issues to select an article they wish to read. A user will be automatically logged in with their institutional IP Address if they are online within a qualifying address range, or he/she can enter their username/password to obtain access. When the PDF has been loaded to the device the user can select to save the file locally onto the iPhone/iPod touch. Once the PDF is saved locally the user can read the article off-line.

只支持 AIP 自己的期刊。这似乎只是人为的限制。如果有一个应用，能支持大部分主要期刊，又结合类似 Zotero 这样的文献管理工具的话，就更有用一些。

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Science 2.0 多伦多

Yan — Wed, 15 Jul 2009 14:58:58 -0700

Science 2.0: What Every Scientist Needs to Know About How the Web is Changing the Way They Work.

The MaRS Centre, 101 College St., Toronto
Wednesday, July 29, 1:00-6:00 pm.

有多伦多的童鞋么？

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WizFolio，又一个文献管理工具

Yan — Wed, 10 Jun 2009 14:34:49 -0700

现在有一定 Web 2.0 功能的在线文献管理工具真多，在格致介绍过 Zotero，Mendeley，最近又收到 WizFolio 的推广信。据网站上的介绍，它有各种自动添加文献信息的功能，比如使用用快捷键从网站，从 PDF，从剪贴板提取。也可以从 RIS 导入，还有自动补全数据，自动定位 PDF 等等功能。还有就是少不了的，与同行分享的社会化功能。

看着似乎还不错，但是界面比较丑陋，在加上已经有别的工具了，提不起兴趣来认真测试。

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Mendeley

Yan — Fri, 22 May 2009 12:06:27 -0700

Mountain 推荐了 Mendeley，它是一个网站，同时也是一个桌面程序，可用来管理、分享文献资料。也有一定的社会性软件功能，比如通过兴趣找同行，等等。

试着用了一下，对我来说，Mendeley 最有用最特别的地方也许是可以自动提取 PDF 文档中的 Metadata 了。虽然常常不是太准，但至少有一部分正确输入了。似乎有希望把我的 PDF 库，作成一个数据库了。：）

试了一下它的 shared groups 功能，居然只能邀请 9 个人分享。似乎限制太大了一点，虽然一般情况下，9 个人的合作组已经够大了。

另外，一个值得一提的功能是，支持与 CiteULike 同步。它自己也有 Bookmarklet，可以从网页导入文献信息。

这类软件和网站服务越来越多，作为使用者真不知道该用哪个才好。万一判断失误，将来服务终止／软件停止开发之类，迁移成本还是很高的。

网络与科学

Zotero 2.0 发布

Yan — Sun, 17 May 2009 13:38:11 -0700

文献管理工具 Zotero 发布了 2.0 版，最主要变化是添加了群组功能。

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Doing science in the open

Yan — Fri, 08 May 2009 14:32:15 -0700

Michael Nielsen 在物理世界的文章，讲解开放科学的话题。有时间的话，真想翻译一下。

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physicsworld.com Blog

Yan — Thu, 30 Apr 2009 12:41:37 -0700

PhysicsWord 的 blog，学物理的人会很喜欢吧。

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arXiview

Yan — Wed, 15 Apr 2009 13:41:51 -0700

Dave Bacon，一位搞量子计算的老 blogger，SciRate 的制作者，最近又鼓捣出一个 iPhone App 来。名字叫 arXiview，就是 arXiv 阅读器，有 iPhone 的童鞋不妨玩玩。我没有 iPhone，只想说声太酷了。

有哪些特别的功能呢？

* Browsing arXiv categories by date. Keep up to date not just on the latest days posting, but postings from the last week or any date you wish. The first iPhone arxiv browser to offer full date browsing.
* Search the arXiv by author, title, full text, with and without restrictions to specific categories of the arXiv.
* Save preprints to your iPhone for later, offline browsing. Organize your offline readings in self-named folders.
* Email yourself or others preprint information for later reference.
* Read PDFs in both landscape and portrait mode.
* Arrange arXiv categories and subcategories in an order of your preference, for quick access.

据说 iTunes App store 上除此之外已经有两个 arXiv 阅读器了。

关于写这个应用程序的来由，以他一惯的风格，说得很幽默。他说，9 个月前他决定找个 tenure track 教职，正好碰上经济危机，给他带来很大的压力。那么，在这样的状态下，一个计算机科学／物理 research professor 做什么呢？那就是写个 iPhone App。有比学 C 语言、写 iPhone App 更好的摆脱焦虑的办法么？

Dave 确实在找教职，zqyin 还听了他的报告，不知道成功没有。

网络与科学

科学报道与科学博客

Yan — Thu, 19 Mar 2009 14:10:26 -0700

《自然》杂志新一期上有篇专题文章：Science journalism: Supplanting the old media? 文中主要是说美国的事情。在经济危机以及网络冲击的大环境下，传统媒体中科学报道的地位越来越低，科学记者们越来越少，甚至像 CNN 这样的媒体会砍掉专门的科学报道部门。而与此同时，由科学家们写的科学博客却越来越多，越来越热门。很多媒体像 Seed，Discovery 等开辟了专门 blog 网站，邀请科学博客到他们那儿去写。有不少 blogger 去印刷媒体开了专栏，渗透到传统的媒体里面去了。

不了解中国的传统媒体中，科学报道的境况如何，感觉上好像还不错。相反，中国的科学博客，还不是很红火，还是小圈子里面的事情。

文中也讲到科学博客的好处，比如：直接面向大众，少了媒体的二传手，传递的信息会更准确。但是，科学记者们有不同的训练，更会把新闻推向大众。所以两者互相渗透，重新分配，是这个网络时代正在发生的事情。

网络与科学

Zotero 1.5

Yan — Tue, 24 Feb 2009 03:33:40 -0800

Zotero，一个 Firefox 文献管理插件（参看格致之前的介绍），刚发布了 1.5 beta。新版本可自动在多台电脑间同步，并可免费备份到 Zotero 的网站上，这样子可随时随地查阅收藏了。

另外，还发布了相应的 web 服务，可以 follow 别人，可以分享，正往社区方向使劲。我的 zotero 帐号是 yan，目前还没想好是否要公开我的 library。

Zotero 1.5 Features

# Automatic synchronization of collections across multiple computers. For example, sync your PC at work with your Mac laptop and your Linux desktop at home.

# Free automatic backup of your library data at Zotero.org.

# Automatic synchronization of your attachment files to a server of your choice (e.g. iDisk, Jungle Disk, or university-provided web storage).

# Recover recently deleted items with Zotero’s trash can.

# Rich-text notes

# New style manager allowing you to add and delete CSLs and legacy style formats

# Automatic detection of PDF metadata (author, title, etc.)

# Automatic detection and support for proxy servers

New Website Features

# Browse through your library online.

# New user profiles tied to Zotero accounts.

# Preliminary support for following other Zotero users: In the future this will generate a twitter-like eed of users public research activity.

# WYSIWYG CV creator, with the ability to dynamically generate all or part of your CV from Zotero collections.

# Search for friends, colleagues, and other users by institutional affiliation, username, email address, or field of interest.

网络与科学

社会科学的数字化

Yan — Thu, 22 Jan 2009 13:02:37 -0800

统计方法能够大行其道的根本原因是现在网路和计算机技术的提高，特别是便宜的海量存储给大量的数据分析提供了可能性。现在指导社会科学的先进文化是理工科思维，先进生产力是统计模型，计算机和海量的数据。

网络对社会科学的影响，比对自然科学的影响更为深刻？

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专访微软副总裁：eScience，科学研究的革命

Yan — Wed, 10 Dec 2008 13:35:06 -0800

托尼·海（Tony Hey）博士曾是一位粒子物理学家，现在专门为计算技术和其他科学研究牵线搭桥。和他的老朋友万维网之父蒂姆·伯纳斯－李（Tim Berners-Lee）一样，他也在关注网络及计算技术的应用——不过他关注的方向并非社会生活，而是科学研究。

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Mendeley

Yan — Thu, 27 Nov 2008 06:50:47 -0800

Mendeley Desktop is free academic software for managing and sharing research papers.

又一个文献管理与分享工具。

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11月8号科学blog圈聚会简记

Harrison — Sun, 16 Nov 2008 23:24:58 -0800

到会各组织、成员及组织特色：
科学松鼠会：姬十三、Yami、猛犸、Gary；年轻而发展迅速的科普blog圈
煎蛋：杨光、帽子；有趣的科普内容译文聚合群体blog
奇迹文库：季燕江；早期做预印本和电子书，现在有做读书会(journal club)的想法
集智俱乐部：Jake；对系统科学及相关问题感兴趣，网上平台有网站、豆瓣组、blog和google group，线下活动丰富多样
格致：Harrison；聚焦科学技术的群体 blog，用户群体较年轻，成员当中海外学子和物理学专业者较多，组织较松散，网站技术较好，有一批关注科学2.0的成员
科学网：孙宁、何姣；中科院旗下《科学时报》的网上官媒，以科研立项方式获得资助，进行科学传播媒体的探索，其“科学网博客”教授和老师用户较多，但目前页面设计方面较陈陋，预计明年改版

关于格致的定位和特色问题的讨论：
1.季燕江老师提出，格致拥有很多海外成员，科学素养很高，但因为地缘上的分散性使得线下活动难以举行。但格致可以与参会的各网站和组织联系，通过合作来组织线下活动。
2.从igezhi.org和wordpress平台下诸多插件的开发来看，自号为“格致管道工”的桑葚技术基础非常好。但从目前格致的状况来看，瓶颈也许不在技术方面。季燕江老师认为，格致在技术方面应该做减法，而非加法。最应该考虑的问题是如何针对海外成员多的状况扬长避短，如格致可以成为一个各科学blog圈国内成员与国外成员交流的一座桥梁。
3.考虑国外的科研条件和科学氛围的相对成熟性，我(Harrison)认为格致的海外成员是一笔很好的人脉资源。除了科学研究方法、经验和心得之外，大家还可以在此平台上交流科研生涯规划问题，提供信息互助等。通过社区化加强成员之间的互动可能会产生很好的效果。Science杂志网站旗下有个ScienceCareers子站，至少目前我们可以讨论与其类似的话题，为这些文章涉及的话题，提供一个来自学生和年轻科学家/科研工作者的自下而上(bottom-up)的视角。
4.专业构成方面：大家一致认为，目前格致成员中物理专业的较多，交流可能还好；化学、生物等专业的似乎太少，也没有能形成有效的交流。有意思的是，在国外的blog圈子里，也是物理学家bloggers最多最活跃，做理论的bloggers较多较活跃。这可能与生物学和实验方面的研究竞争较激烈、科研工作者时间紧压力大有关。但在科普领域，从目前虽年轻但发展最火的松鼠会看来，似乎还是生物方面的数量居多，也较受欢迎，这应该是因为生物方面的科普知识与多数人更贴近，更易引起关注。
5.关于线下活动：集智俱乐部的线下活动搞得有声有色，负责人Jake介绍说，集智开始是专注于网上的交流，有段时间也进入了瓶颈期；后来通过线下活动，恢复了活力。现在集智已经发展出两周一次的线下活动惯例，覆盖了讲座、读书会、电影节、看展览、编程经验交流等多种形式。从参加的几次活动，我个人认为，线下活动是集智俱乐部最大的亮点之一。

=========分割线========
季燕江老师的几个观点：
1.专业者与兴趣者的差别仅在于细节。在框架上，兴趣者是完全可跟专业者达到相同程度的。
2.民科问题，终究可以还原为一个教育问题。
3.任何一个网站或组织，其资源都是有限的，所以一定要只做有价值、有兴趣的、独特的事情。

其它议题：
1.科学松鼠会的发展历程和人员组成
2.煎蛋的“放弃CC协议”风波和版权保护问题
3.奇迹文库的“民科”热情高于“官科”问题
4.集智俱乐部的瓶颈期及其突破
5.格致的瓶颈期问题（见上面讨论）
6.科学网的网站改版问题

========后记========
这次聚会最早缘起于格致负责人桑葚在格致三周年的一个“怨妇”帖：格致陷入低谷，萌生退意。此贴引起广泛讨论，松鼠会姬十三提出在北京的科学blog圈举行成员代表聚会，遂成。
作为格致的唯一赴会代表，除了被桑葚抓壮丁因素之外，也是带着一个比较研究的问题而来的。我个人从07年初担任国内最大的生态学论坛“普兰塔”的版主，这是一个由中科院植物所马克平所长等建立的一个论坛，其资源获取和发展驱动机制中，自上而下(top-down)的成分较大。最初被格致吸引，除了对科学2.0这个话题的关注之外，更希望观察这个纯自下而上(bottom-up)的组织的建立和发展历程。此次参会，更了解到各相近组织不同的发展历程和模式，很有启发和借鉴意义。
题外话，关于科学2.0：科学2.0是在Web2.0时代科学传播方式的相应变化趋势。我认为的科学传播至少包括科学普及和学术出版两个领域。后者一度很热，特别在国外，相关的网站有Nature旗下的Nature Network和Connotea、Elsevier下的2collabs、老牌学术书签网站CiteULike、ISI的EndNote Web和ResearcherID等，但目前看来，似乎仍然未有突破。我认为原因是目前尚未出现一个能够将扁平化趋势和同行审议机制的矛盾解决好的方式。许多类似网站出现了民科出没、官科退散的现象，这是即便Nature等大牌也暂时无力避免的。
这次聚会没能见到奇客资讯、三思科学的代表，也没能见到李淼老师等知名的独立科学blogger，以及原定参会的另一位格致代表lochmeters，是一大遗憾。希望以后有机会。

网络与科学

Scirus - for scientific information

Yan — Sat, 15 Nov 2008 01:37:30 -0800

Scirus is the most comprehensive scientific research tool on the web. With over 450 million scientific items indexed at last count, it allows researchers to search for not only journal content but also scientists' homepages, courseware, pre-print server material, patents and institutional repository and website information.

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Cosmic Variance 迁移到《发现》杂志

Yan — Tue, 11 Nov 2008 00:31:08 -0800

Cosmic Variance，最具人气的物理类博客，本周也转移到《发现》杂志的博客网站。这样子，大多数老牌、知名英文科学 blog 都被传统科普媒体的网站收编了。一个收编众多科学 blog 的典型网站是《Seed》的 ScienceBlogs。

是趋势？是独立 blog 的失败？

网络与科学

crossref.org : : dois for research content

Yan — Tue, 04 Nov 2008 06:08:37 -0800

CrossRef is an independent membership association, founded and directed by publishers. CrossRef’s mandate is to connect users to primary research content, by enabling publishers to work collectively.

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纳米技术视频杂志

Yan — Wed, 22 Oct 2008 08:41:12 -0700

OAtube Nanotechnology，是一份开放获取的、视频形式的纳米技术杂志，主要收录学术会议报告。杂志的出发点是，相信会议报告对科学发展有更深远的影响。

杂志的主编是王志明，在科学网有博客，也是开放获取的拥护者。

视频形式科技杂志目前最有影响的是 JoVE:Journal of Visualized Experiments。

科技视频

Beta blockers?

Yan — Fri, 17 Oct 2008 06:08:37 -0700

Proprietary data formats may be legally defensible but open standards can be a better spur for innovation.

A lawsuit between Zotero and Thomson Reuters.

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地球村的先驱们

Yan — Thu, 16 Oct 2008 08:40:44 -0700

《Physics World》十月期上有一篇 arXiv 创建者 Paul Ginsparg 的文章：The global-village pioneers。讲了他个人经历的互联网早期历史，以及它对科学交流已经产生的影响。

没有时间和精力来翻译，列一些有趣的细节：

1、他说他 60 年代末，念初中的时候，就接触电脑了（That meant a 100 baud teletype connected to a remote time-sharing system via an acoustically coupled modem, with paper punch tape as a storage medium for programs written in Basic and PL/I. ）声耦合调制解调器和穿孔纸带存储，都是偶没见过的。Basic 语言学过，但 PL/I 是什么，就没概念了。

2、他 73 年就开始用 email，盖茨是他同学。

3、他提到 Donald Knuth 1984 推出 TeXbook，这样子学者们可以用 email 来做包含 TeX 公式的交流了。TeX 至今还是最为广泛使用的科学论文文字处理语言。

4、1991 年，他转到洛斯阿拉莫斯，开始了 xxx.lanl.gov，就是后来的 arXiv.org，最大的论文预印本存放网站。原来 arXiv 比 WWW 还早，刚开始是个 e-mail/FTP 服务器。

5、1992 年， CERN 的 Tim Berners-Lee 给他发了个 email：“Q: do you know the world-wide-web program?” WorldWideWeb.app 诞生了。

6、他说学术期刊，从某种意义上说，是 Web 2.0 的最早例子。它也是提供某种基本框奖，用户往里存放内容，越是被广泛获取价值越高。确实是这样，学术期刊是学术圈子的一个中心。

7、在文章结尾处，他说：“The Internet, World Wide Web, search engines and other developments described here all initially stemmed from the academic community’s need to transmit, retrieve and organize information. It is exciting to project that new research and cognitive methodologies to be developed for academic use may ultimately be adopted as well by the general public for the creation and dissemination of knowledge.” 所以要做出下一个类似 Google 的大东西，从解决学术圈的需求开始比较靠谱。：）

网络与科学

The global-village pioneers

Yan — Tue, 14 Oct 2008 13:23:33 -0700

Paul Ginsparg, who founded the arXiv e-print archive, recounts the early days of the Web and looks at how it has changed scientific communication

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Drupal For Educators And Academics

Yan — Tue, 14 Oct 2008 04:12:44 -0700

Drupal For Educators And Academics

View SlideShare presentation or Upload your own. (tags: drupalconbarcelona2007 drupal)

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Mememoir: A Better Wiki For Science

Yan — Sat, 06 Sep 2008 13:34:07 -0700

WikiGenes 是一个关于基因、化学物质、病理等等的 Wiki，它背后的系统叫 Mememoir。Mememoir 与 WikiPedia 背后的系统 WikiMedia 的主要不同在于，它着重集体写作的 wiki 文章的署名问题。从《自然》杂志上的文章和这个演示视频看到，文章中的每个词都链接到具体作者。WikiMedia 通过历史记录原则上也做到了这点，但没有 Mememoir 那么直观。除此之外一个重要特点是引入了针对作者的评价系统。

Solidot 的介绍：

科学界的Wiki——Mememoir 是一个全新的 Wiki，目前以 WikiGenes wiki 的形式进行开发。Wikigenes （Mememoir ）是一个基因信息数据库，由 MIT 的访问学者，瑞士人 Robert Hoffmann 开发。对学术界的科学家来说，著述是他们的生命。在 Wiki 发表学术文章短期内未必会对他们的职称有多大影响，但 Mememoir 多少可以让作者出众，另外，Mememoir 还可以让读者对作者及其文章打分。Mememoir 的开发者还寻求将 Mememoir 开源的可能，Robert Hoffmann 说，这是后期会考虑事，目前正集中精力运行 Wikigenes 项目。 "

网络与科学

谁在评论科学论文？为什么？

Yan — Fri, 25 Jul 2008 08:02:49 -0700

自然出版社在考虑开放 nature.com 上的评论功能。最近，他们拿到了 BioMedCentral (BMC) 5 年来网站上的评论数据，做了下简单的数据挖掘，得到一些不太激动人心的结果。

从 2002 年 11 月至 2008 年 7 月，所有的 BMC 期刊得到来自 753 个用户针对 732 篇文章的累计 945 个评论。BMC 总共出版了 37916 篇文章，所以只有 ~2% 的文章得到了评论。

有三分之一的评论来自作者自己：提供补充材料，指出文中的错误，或者回答别人的评论。只有 8% 的人评论了不只 1 篇文章。

那评论的内容都是些什么呢？看下图：

虽然评论数量稀少，不过自然出版社的帖子指出，评论的质量还是不错的，多数对文章有所助益。“沙发、板凳”类评论只占到 8 %。

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这个结果不太激动人心，但也不意外，很容易理解的。

1、只有作者才会觉得有义务去更正错误，回复读者的评论，等等。
2、要评论一篇学术论文，需要花很多精力（不然审稿人们为什么老会拖很久才递交报告呢？），不像回复 blog/论坛帖子那么容易。
3、如果真地对某篇文章非常有兴趣，并且有想法，人们可能也不会评论，因为要保密。
...

网络与科学

高能物理将因特网引入中国

Yan — Tue, 15 Jul 2008 04:43:49 -0700

Les Cottrell 文，葛韶锋译
译文链接，原文链接

当我在英国上高中的时候，我最喜欢的一门课是地理和地质学（Geography／Geology）。但因为害怕要在没有人烟的野外寻找石油、而且很难遇到异性，我最终转向了物理学。从那时候开始，我获得了一个核物理（Nuclear Physics）方面的博士学位并转向高能物理（High-Energy Physics）、随后又从事计算和网络方面的工作。最近我负责分布于全世界一百二十多个国家的服务器站点的网络性能，我在地理学方面的知识看来并没有完全被浪费。

我第一次访问发展中国家是在1991年初，当时我受邀参加在斯坦福直线加速器中心（SLAC：Stanford Linear Accelerator Center）召开的会议，期间和中国的物理学家们讨论在北京高能物理研究所（IHEP: Institute of High Energy Physics）建立计算和网络系统的可能性。我之前只是去东京参加过一次会议，虽然从没有到过中国，我还是被邀请去中国建立中国高能物理研究所和斯坦福直线加速器中心之间的网络联接。由于我不大清楚自从两年前发生天安门事件之后中国国内的局势如何、而且我对应该怎样完成这项工作没有底，我和斯坦福直线加速器中心的荣誉退休主管Pief Panofsky见了一面。和他的谈话非常鼓舞人心，他指出了便利的网络设施对于高能物理学研究以及中美两国高能物理学合作具有的重要意义。

在当时，高能物理研究所只有一条具备国际通讯功能的传真线路，另外还有一条通往欧洲核子中心、每天用来传递两次电子邮件的拨号电话线路。我能做的事情是要求高能物理研究所在他们的电脑中心建立三条国际电话线路。由于担心行政手续会拖延这一进展，Panofsky请诺贝尔奖得主李政道先生帮助解决电话线路的问题、并很快帮我获得了签证。

三个礼拜之后我到达了高能物理研究所，并和当地的计算机管理员见了面。他们对于和西方来的专家一起工作感到非常兴奋，并且努力不让英语知识方面的匮乏成为完成这一工作的障碍。我对他们的专注、友好和热情感到非常高兴，并努力和他们相互交流。我非常惊异地发现电话线路是在前一天刚刚建立好的。为了防止意外，我随身带了两个调制解调器（Modem），因此我能够很快用其中一个把电话线和VAX 785电脑连接起来。我们用第二条电话线路和Charley Granieri以及斯坦福直线加速器中心的其他同事取得了联系，并让他们把设备设置好，最终我们成功地连接到了斯坦福直线加速器中心的调制解调器上。在接下来的两个礼拜中，通过进一步的调试我们建立了斯坦福直线加速器中心和高能物理研究所之间的DECnet拨号联接，实际的传递速度为四百字节每秒，每分钟的费用是三美元。

在回到美国之后，我们很快说服了美国能源部的Bob Woods资助高能物理研究所和斯坦福直线加速器中心之间租用的AT&T卫星通信线路。但是从那之后事情开始变得困难起来。将信号从北京国际机场连到高能物理研究所就花费了一年以上的时间。我们尝试了很多种方法，包括用红外线和微波传输，最终我们采用了光纤和铜导线结合的办法。卫星线路在1993 年三月份的时候完成，这大大改善了通信能力，可以提高到每秒四万两千字节的文件拷贝速度以及每天大概两千五百封电子邮件的传递能力。关于这一国际线路的消息很快传遍了中国的学术界，各个研究所开始建立通往高能物理研究所的线路，全中国有超过三百名的顶尖研究人员在高能物理研究所获得了帐户从而能够与世界上其他地方的研究人员通过电子邮件进行通信。

到了这个时候，我们很清楚地知道下一步是用真正的因特网来替代DECnet联接。为了实现这一目标就需要购置路由器（router），而这必须要获得美国商务部（US Department of Commerce）的出口许可（Export License）。在大量的文书来往以及和美国能源部、商务部以及国防部之间沟通之后终于获得了出口许可，最终于1994年二月份收到了路由器并于次月连到了世界高能网上（HEPnet）。

按照要求我们通知了所有ESnet（Energy Sci-ences Network）节点因特网将接纳来自中国的网络联接，连接到因特网上的最后一步也就在1994年3月17日完成了。这是因特网和中国大陆的第一次亲密接触。高能物理学界应该为此而感到自豪，现在中国大概有超过一亿的互联网用户。

网络与科学

Publish or perish：发表或灭亡

Yan — Wed, 02 Jul 2008 12:15:24 -0700

王鸿飞有一篇 blog 叫：发表是硬道理。的确，如果要在学术圈里混，而且想混得像个人样，发表是第一重要。除非哪一天撒手不干，走人去工业界或者找其它出路（其实也不赖）。

他的帖子里提到一个程序 Publish or perish，一款以 Google Scholar 为基础的学术引文分析软件。觉得好玩，下载下来试了试，发现重名是个大问题。：）

我想如果有人能把它做成在线版本，作成一个网络服务，应该会很热门的。:D

网络与科学

大敞科学之门-《环球科学》

Yan — Thu, 26 Jun 2008 11:53:12 -0700

（来自科学松鼠会，作者为桔子帮小帮主）

四年前，《自然》杂志顾问编辑Philip Ball在《属于大家的好东西》一文中对“众人拾柴式”科研略作总结，在他的三种模型中，大家的才智汇集在一起用于科学研究，再复杂的事实和再细小的错误也不在话下。不过科研也不能白拿好处，作为交换，它必须付出的酬劳是信息开放。展望毕竟只是纸上谈兵，时至今日，下到亲手操作实验的学生，上至实际掌管科研大权的教授，科学界仍对这一理念各执一词。我们在这条路上走出了多远，科学研究对更多人敞开究竟是大势所趋还是个人的乌托邦？

“万众瞩目”下的科研

在历史上，天文曾是最寂寞的学科，天文学家独立计算和观测，漫漫等待才换来零星发现。今天，恐怕再没有一个学科有天文学这样的阵容，全世界志愿者的眼睛已为各种空间搜索计划盯住寥廓空宇，组成一个名副其实的“人肉搜索引擎”。这便是Ball开篇第一模型——“大众分析”。天文学家何以让这么多人心甘情愿地免费工作？诀窍显而易见，第一手科研图片亮出来共享，最终发现权还为志愿者拱手献上。维基百科是另一个众人参与众人获益的资源——每个人都不是万事通，但全世界人一番“七嘴八舌”，最终你握在手里便是一份了得的智慧。

论文共享是科研界著名的群众项目，在Ball的模型中被称为“众人评议”。早在1991年，连互联网都没有普及，高能物理理论研究群体已建起一个电子论文网站ArXiv。人们可以把提交但尚未被接收的文章先在这里发表，在正规的杂志审委会还没来得及说话的第一时间，全球同行便可以“指手画脚”。相比于步骤冗长的审稿过程，这一举措之受人欢迎可以预料。时隔近二十年，数学、计算机、数量生物学、统计等众多学科已纷纷加入，这个网站也发展为近48万篇论文的集散地，自由下载不需权限。2007年网站下载量达到4500万篇，每月新递交5000篇，日浏览量近百万。ArXiv创立者，康奈尔大学物理、计算及信息科学教授Paul Ginsparg说：“网上电子档案成为人们交流信息的首要场所，那些历史悠久的纸杂志一下子就受排挤了。”ArXiv建立十年后，生物界也迈出试探的脚步，开辟PubMed Central为人们免费下载论文；美国国立卫生研究院更获得参议院批准，要求它资助完成的所有学术论文必须在一年内免费向公众开放。

最近，美国公共科学图书馆《PLoS》开办网络版《PLoS ONE》，它一上来便号称要颠覆四百年传统，实现“真正的同行审阅”，即文章生死大权不再由几位代表掌握，一旦技术细节通过审查，文章即告“发表”并开始接受全球同行公开评审。尽管新制度仍需在批评中磨合，网上审阅的支持者倒也不乏其人。2007年结束之时，1000多篇网上论文成为《PLoS ONE》的周岁贺礼。

总结上述“开放获取的科学”（Open Access Science），Ginsparg说：“它绝不等同于‘免费的科学（Free Science）’，前者还强调了易于搜索和互动交流。”

Ball模型第三种是形式最丰富也最具争议的“合作研究”，它以OpenWetWare（OWW）、UsefulChem以及科研博客的出现为代表，崇尚科研透明，希望由此换来合作。

OWW的创立者来自麻省理工学院Endy和Knight实验室，网站最初建立只是为了跨越物理距离，让不在同一个楼的实验人员即时共享信息，然而此举在同行中的反响却出乎他们的意料。经过三年时间，遍布全球的4100名用户已加入他们的行列，在此交流实验经验。就像原先梦想的那样，OWW确实成就了一些可圈可点的合作项目。2005年，麻省理工学院博士生Barry Canton在OWW网站上发表了一个建立“标准生物学模型”的构想，他原本并没有期望什么结果；谁知九个月后，万里之外的伦敦帝国理工学院研究生Vincent Rouilly读到了这个帖子，灵感大发并联系了Canton，二人一拍即合开始合作。现在，这个模型已在若干重要会议向世人展示，并吸引了几个具有技术专长的奥克兰学生的加入。作为OWW的核心人物，Endy毫不避讳对“开放”的彰显，他的实验室个人信息网页上便赫然写着：给我发邮件前请做好心理准备，你的邮件可能被公开。

无独有偶，德雷塞尔大学化学家Jean-Claude Bradley也于2005年建立起学术交流网站UsefulChem，该网站三年来一直与OWW并驾齐驱成为开放典范。Bradley甚至于2006年给自己所标榜的开放科学分支单独定名为“开放笔记本的科学”（Open Notebook Science）。顾名思义，你能从他的网站上看到实验室成员如何计划实验、为何成功和失败，能看到每一块蛋白胶和每一张底片。照他自己的话说，其精髓是“毫无内情的实验数据”。说到科研透明化，Bradley如数家珍：“如果未曾公开实验细节，我们可能永远不会结识现在的合作者。”

如今，就连博客也被科学家赋予了“合作研究”的潜力，只是展示在这里的不是数据，而是科研感悟。在英属哥伦比亚大学生态学副教授Rosie Redfield的号召下，实验室几乎每个成员都拥有科研博客。Redfield对促使她做出这些努力的一篇博文津津乐道：“在科研中，被人抢了先是再平常不过的事。这是科学本身的缺陷，我们无能为力。因此便回避竞争，是一种资源浪费；然而不正当竞争，以致采取什么都保密的另一个极端，同样是资源浪费。”Redfield说：“我们希望别人了解我们在做什么。虽然外实验室人员给我们留言的不多，但是我们确实曾从中获益。”尽管教授中浏览博客的不到一成，拥有科研博的少于1%，电子论文网站ArXiv还是于最近新增了链接到相关科研博的功能，组织者希望网站巨大的流量能带动博客浏览量，同时希望留言机制能够鼓励博主写作，从而形成一种良性循环。倡导“开放笔记本”的Bradley却对此略有微词：“博文多数只是‘纸上谈兵的闲聊’。只有真正看到原始数据，人们才有权利对研究做出评价。”

如何开放和开放到何种程度在先行者内部尚未达到共识，2008年3月，美国马里兰大学计算机科学教授Ben Shneiderman却已在《科学》社论中预言：网络改变了我们研究问题的方式甚至内容，在随后的四百年间，科研最大的挑战将是如何处理信任、责任和隐私的关系，让他们更好地为科研服务。 “开放获取的科学”、“开放的科学”、“基于网络2.0的科学”、“开放笔记本的科学”，由此被正式纳入“科学2.0”旗下，接受众人审视，其核心是“人与网络”。

谁来保护你

说到科学2.0，人们最大的顾虑是自己的想法和结果被剽窃。到目前为止，只有一些电子论文网站给出了明确答复，比如，论文一旦在ArXiv出现，即使还未被正式刊物接受，也受版权法保护。正因为此，引用文章时“出自ArXiv”的标签广受认可。但是不受版权法保护的论坛又如何呢？到目前，已发生过出版商在未经OWW用户同意的情况下引用他们贴出的实验方法的事情；另一位佐治亚理工学院的用户Mauricio Bedoya也已向实验室负责人抱怨，如果OWW不能开发一些隐私空间，那么她将把敏感结果单独记录，她的理由是：“竞争对手不公开他们的结果，我们自己则毫无所获，这根本不公平。”连科研博博主Redfield也坦言：“我们不怕别人盗用我们的想法，因为我们的领域几乎没什么竞争对手。”

对此Bradley自信地说，有过剽窃前科的科研人员便得不到信任，因此其实很少有人铤而走险。他还表示，与其受竞争对手偷窥，公开科研结果反而安全。这一点立刻招来质疑，芝加哥大学生物学博士生Laura Satkamp称其过于“理想主义”：“竞争对手偷窥的概率明显小于公开结果的风险，不能不提防贪婪和自私的人。这个时代相信文章，审批基金的时候不是看你在论坛里发了多少言。”而Bradley“公开实验记录不比会议交流更危险”的言论也遭到芝加哥大学细胞生物学教授Benjamin Glick的反驳：“网络交流和会议交流有区别，会议上，你可以选择你信任的人，或者暗示他你给了他信任；然而通过网络，你根本不知道听者是谁。”

对于笃信科学2.0的研究人员，剽窃则似乎丝毫构不成威胁。Redfield实验室几位研究生和博士后异口同声地说：“我们相信开放的科学。那么多聪明的大脑结合在一起，整个科研界就会更有效地运作。”一位从事物理研究的OWW用户甚至认为别人“偷走”了他们的想法并提前一步付诸实现再好不过，因为这样他便可以朝下一个问题努力了，“出色的研究人员通常有许多好主意，但却没有足够的时间去实施，更多人一起探索，终将有利于你的研究。”当笔者就Bedoya关于公平的顾虑进行询问，今日OWW主管Lorrie LeJeune回答：“这不是公平不公平的问题，却是每个人如何选择的问题。每个研究人员都需自己权衡信息共享的好处和风险。”

有趣的是，选择开放与否还与学科有关。Crotty主编曾讲演并撰长文《网络2.0在生物界为什么行不通》，包括Ginsparg在内的几位科研人员也纷纷提到：在“开放”问题上，生物学似乎总比数理化来得保守。即使大名鼎鼎的《自然》杂志摆出姿态，创建了众人评议论文的Nature Proceeding网站，响应也是寥寥。苏黎世理工学院博士生王立功这样理解：“数理化一般都是比较理论性的东西，一般想法出来证明便也一目了然；而生物学看重实验结果，谁先做出来算谁的，先把想法透露了就失去了优势。”而Ginsparg则在一篇文章中提到，研究基金依学科不同而不同，生物医学研究往往要花费几万美元，而绝大多数物理和数学研究则一分钱也不需要。正如一个流传已久的笑话：物理学家只用纸和笔便可以做科研，而生物学家则只需一个垃圾桶。生物研究所要耗费的资源和金钱如此之多，其竞争激烈也不无道理。

同是生物行业，去年二月瑞士诺华制药等研究机构却做出一项惊人之举——将他们基于对上百万人的分析而辛苦绘出的“II型糖尿病基因差异图谱”公之于众。你只要有电脑，能上网，不管是不是专业人士都可以下载原始数据。这幅差异图不仅使人们向破译II型糖尿病的遗传成因迈出极有建设性的一步，也同时展示出广阔的制药天地。当被问到为何放手这一商机，诺华生物医学研究所所长Mark Fishman说：“我们只是迈出了第一步。将此项研究所揭示的糖尿病相关基因翻译成新药要全球共同努力。我们希望大家能争着来实现这一梦想。”这可谓开放的科学最慷慨的一次给予。

来自外界的担忧

今日，主张开放科学的群体内部热情高涨，然而一出那个人群又无人知晓，似乎人们要跨越的，不仅是对剽窃的心理障碍。《冷泉港实验室操作指南》执行主编David Crotty曾为科学2.0列出几大罪状：科研人员没时间浏览成千上万学生博客；网上实验笔记不如各大《操作指南》可信；公开资源不便查找；对增进交流没有实质性推动……芝加哥大学分子生物学实验室Rita Strack担心，如果人们将未经同行审阅的结果公布在博客和网络笔记上，没有判断能力的大众则很容易被误导；更有甚者，会为了抢占某项发现的优先权而贴出不负责任的信息。看来，“开放”关乎的不只是信息公开者的意愿。

Redfield实验室博士后Maughan认为“存在争议”正是论坛与博客不同于文献的独特之处，读者应该学会判断孰真孰假。Bradley也表达了相似的意思：“在科学界不存在所谓的‘确定结论’。现在的科学系统最大的一项漏洞便是需要‘信任’的地方太多。读者必须信任编辑选择了合适的人来审查论文，审查论文的科学家必须信任作者所总结的实验结果，通讯作者还必须信任他们的合作人和做实验的学生给出的数据。哪怕其中一环有个闪失，整个系统便不可信了。如果实验记录公开，我们就不必完全押宝在这么多‘信任’上。作为一个科研人员，我甚至连自己也不信任。”话虽如此，科学家却无法要求浏览网页的外行具有用同样清晰的判断正误能力，这一点确是自由言论的硬伤。

如此看来，面对部分人利益受损的公平危机和科研人员社会责任感的不同底线，我们能否坚持科学的绝对共享，实在源于理念差异。已经敞开的科学大门并没有解释一条普适标准，未来的方向，仍待各种观念角力而定。

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OJS －开放期刊系统

Yan — Mon, 23 Jun 2008 13:07:55 -0700

Public Knowledge Project（公共知识项目）是北美（主要是加拿大）一些大学机构的合作项目，目的是探索新技术是否以及如何改进学术研究的专业和公共价值，blah blah blah ⋯⋯ 这些只是套话，我只是想提一下它开发的开源项目之一： Open Journal Systems（OSJ 开放期刊系统）。它是一个期刊管理以及发布系统，提供从投稿，审稿，到在线发表以及索引，同行评议期刊整个发行过程的解决方案。

OJS Features

1. OJS is installed locally and locally controlled.
2. Editors configure requirements, sections, review process, etc.
3. Online submission and management of all content.
4. Subscription module with delayed open access options.
5. Comprehensive indexing of content part of global system.
6. Reading Tools for content, based on field and editors' choice.
7. Email notification and commenting ability for readers.
8. Complete context-sensitive online Help support.

因此，如果有搞一份比较正规的学术杂志的想法，至少软件是有了。虽然这种正规的学术期刊体系不够二（就是 2.0），但 OSJ 降低了创办学术期刊的成本，正如开源 blog 软件降低了个人网络出版的门槛，开放期刊系统对于推动开放获取，开放科学，等等科学 2.0 想法应当是有价值的。学术出版不应当只为少数几个出版机构掌握。

PS：除了 OJS，其实还有许多开源的期刊软件：DPubS, GAPworks, Hyperjournal, ePublishing Toolkit, OpenACS, SOPS, and TOPAZ 等等。要比较它们，非我的能力之内，希望有用过它们的人来提供点参考意见。

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盲人摸象新编

redondoself — Sun, 04 May 2008 03:58:07 -0700

注：为简单明了，我的‘盲人摸象’故事中的人物精简为甲乙丙丁戊5个。其中，甲乙丙丁是4位盲人，从来没有‘见过’大象；戊拥有正常的视力。

甲摸到了大象的躯干，很肯定地说：“大象长得跟一堵墙似的！”
乙摸到了大象的腿，说：“哪里，大象明明是一根很粗的柱子嘛！”
丙摸着大象的尾巴说：“你们俩都错了，大象跟笤帚一样！”
丁首先来到甲的身边摸到了大象的躯干，“恩，甲是对的，大象是堵墙，”丁说。随后他又来到乙的身边摸到了大象的腿，“奇怪，大象怎么变成柱子了？”丁纳闷道。最后他来到了丙的身旁，摸着大象的尾巴，大叫道：“真见鬼，大象怎么又变成笤帚样子了！”沉思了半天，最后丁拍了拍脑门，说：“几位，我明白了，大象可以是墙，可以是柱子，也可以是笤帚，这取决于观察者的位置，根据量子力学物质的波粒二象性，大象可能具有墙／柱子／笤帚三象性！”
戊站在旁边，看着大象，告诉甲乙丙丁：“几位兄弟，大象不是你们摸到的那个样子，他是＃￥％＆＃＠＃。”
甲乙丙丁并不相信戊的话，他们认为自己亲手摸到的才是真实的，于是大家争论不休。经过一番商讨，他们决定采用“民主”的方式——投票来决定到底谁是错的。最终票数结果：甲／3票（乙丙戊各投一票认定甲是错的）；乙／3票（甲丙戊各投一票认定乙是错的）；丙／3票（甲乙戊投）；丁／1票（戊投，甲乙丙弃权）；戊／4票（甲乙丙丁投）
最终，“民主”也未能解决到底谁是正确的，但是认定了戊是错的。

客观上讲，只有“戊”是正确的，“甲”“乙”“丙”“丁”都错了。不过，通过这个故事，我想说明的并不是如何去更加“客观”，而是想讨论一下“主观”。其实，站在各自的立场，就个人所能获得的信息范围内，他们每个人都是“正确的”。日常生活中，我们常常扮演的角色是“甲”“乙”“丙”，我们从自己的角度去分析判断下结论，并坚持己见，这也正是我们是“我们自己”的原因所在。“丁”所代表的是一类愿意从他人角度出发看待问题的人，其实这是一件好事，能更接近真实，但是也容易被人误会成“和事佬”，而且“丁”这样的人，坚持自己原则方面会稍差，容易陷入迷茫。“戊”是超越凡俗之人，但是缺乏知音，康德或许就是这样的人吧。

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inner life of the cell

redondoself — Thu, 24 Apr 2008 23:17:53 -0700


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细胞凋亡
redondoself — Thu, 24 Apr 2008 23:16:31 -0700



科技视频



物理学家很不满，问题很严重
Yan — Sat, 15 Mar 2008 08:02:28 -0700
著名物理学旗舰杂志《物理评论快报》不允作者将来自其出版论文的材料递交到维基百科或写到博客上。最近，杂志撤消了两篇已接受的论文，Jonathan Oppenheim和其他共同作者要求论文的版权协议应该与 Wikipedia和Quantum Wikipedia保持一致。目前许多科学家“像例行公事般的做违反与杂志签署的版权转让协议的事”。38位物理学家写信给杂志社要求修改版权政策，认为“它是不合理的，完全与科学领域的做法有差别。科学家都希望让尽可能多的人阅读他们的论文”。抗议可能起了些效果，美国物理学会杂志主编表示学会将在5月份的会议上重新评论版权政策，他说“一些优秀的科学家要求我们考虑修订版权，我们会认真对待”。via: solidot
//鼓掌
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《科学美国人》关于科学 2.0 的文章
Yan — Wed, 16 Jan 2008 14:27:03 -0800
Science 2.0: Great New Tool, or Great Risk? 这是文章的题目，有兴趣的可去看看。文章的话题，比如：科学界对 blog，wiki 等 web 2.0 技术的接纳利用；开放研究，等等，格致上都有过涉猎。读完这篇文章，唯一的感触是：科学界的惯性真大。
这篇文章的主要亮点是：它其实还是草稿，作者鼓励读者评论，他会根据这些反馈改进，正式的印刷版本要在几个月后才出来。作者把这种过程叫“networked journalism”。
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科学和开源精神
habpi — Sun, 13 Jan 2008 13:09:09 -0800
这是围绕Christopher Kelty的文章“Free Science”的介绍和评论。

开源软件和科学需要相同的成功要素：同行评议，可以审查复制的公开数据，维护学术自由、信用、文明和声望的社区文化。
二者都有深刻的社会意义。科学和技术是社会前进的必要条件。信息技术已经成为现代社会的支柱；开源软件所提出的问题正是它如何为全社会而不是特殊集团服务。

这就引进了社会资源分配的问题。对科学而言，资源分配的政治经济问题不能干预学术规范。科学只有独立于利益冲突之外，维护开放性评议和审查的原则，才能达到追求知识的目标。像Kelty说的，“Withouth these, science is bought and sold by the highest bidder”。可以收买的科学不是真正的科学。对于开源软件，在商业世界中维护独立性和开放性也是关键的一点。
Kelty接下来对科学的运作、资助和评价作了进一步的分析。他用了波义耳发现气相定律的例子，并和开源软件的运作作了比较。当然科学和开源社区都不是生活在理想的世界里。然而他们都遵循开放精神的价值取向。
Kelty引用了Robert K. Merton的研究，指出科学社区的“潜规则”：普遍性、共享性、独立性和理性的怀疑精神（很象开源社区的“黑客理念”吧？－）。尽管这些不形成法律上或技术上的约束，科学的社会建制是围绕它们形成的。（这些规则不兼容任何意识形态，所以围绕“主义”建设科学只能是缘木求鱼。）
科学社区建立在一个声望体系之上。声望是在开放中建立的，主要基于同行审阅的出版物。这里关系到一个焦点问题：“intellectual property”，中文叫“知识产权”的东西。知识传播得越广，发现者的声望越高，她／他的“intellectual property”中的所有权（credibility）越稳固——这是一个开放模式。

 社会应该有对发现者的奖励机制，但不是说知识是任何人的财产。知识属于全人类。“intellectual property”实质上是一种荣誉。不幸很多人把它当成了实物产权；商业利益往往试图要把知识封闭起来。结果今天的研究实验室里，每个人都面对许多的使用（设备、方法、试剂、基因序列、老鼠等等的）协议问题。Kelty指出，美国经济系统中的法律和制度框架已经在敌意的阻碍科学了。

 当产权阻碍了知识的时候，是制度出了问题。科学需要“开放性”来存在。
（为了克服生命科学研究中的知识产权障碍，以Richard Jefferson为首的一批科学家已经创建一个开源生物项目；力图在生物领域推广开源方法（见http://rl.rockiestech.com/node/71）。其实人类基因组测序项目是最好的一个例子；所有的数据发布在公共领域，每个人都可以免费获取，杜绝了个别人在人类基因序列上制造产权壁垒。这个题目应该在有机会的时候单独讨论。）
Kelty最后举例说明计算科学需要使用开源软件和开源方法。因为科学要求开放的同行评议；只有其他研究者能够完整的审查你的软件工具和数据，才能保证成果的可靠和可复制性。这不仅仅包括开放的源代码和说明文档，也包括开放的模型和数据格式。后者的兼容和开放是知识积累和发展的必须，我们在软件业的历史中已经见证了这一点。

总之，科学在过去的四百年里越来越走向开放；互联网的普及更是给科学交流和知识传播创造了绝好的条件。科学进入社会规模的活动不过是近几十年的事情。开源软件的历史更短。如果我们能抓紧时机，对其中知识创造和社会组织的机理进行真诚的研究，意义极其重大。正确的社会发展策略有赖于此。
［作者按］Kelty的这篇长文是MIT PRESS出版的“Perspectives on Free and Open Source Software”中的一章。这本书虽然不是开放版权，MIT PRESS在其网站上提供了全文下载。
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伯克利网络课程
Yan — Sat, 24 Nov 2007 15:00:51 -0800
这个这个，非常之火星了。不过还是得提一提，万一有人不知道呢。
webcast.berkeley，加州伯克利大学把许多教学课程以及学术报告之类，以音频或者视频的形式放到了网上，可订阅、下栽。
他们还把一部分内容上传到了 Google Video 和 Youtube 上。我又把一部分贴到了这里，比如：SIMS 141 - 搜索引擎，Physics 10 - Physics for Future Presidents，Chemistry 3B，等等。
现在网上的开放教育材料非常多，唯一的隔阂是语言了。不知道有没有中文的类似网络课程。或者有人能把它们翻译成中文也好。
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Physics 10 - Physics for Future Presidents
Yan — Fri, 23 Nov 2007 14:20:37 -0800

Physics 10: Physics for Future Presidents. Spring 2006. Professor Richard A. Muller. The most interesting and important topics in physics, stressing conceptual understanding rather than math, with applications to current events. Topics covered may vary and may include energy and conservation, radioactivity, nuclear physics, the Theory of Relativity, lasers, explosions, earthquakes, superconductors, and quantum physics. [courses] [physics10] [spring2006] Credits: lecturer:Professor Richard A. Muller, producers:Educational Technology Services
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Zotero，下一代研究工具
Yan — Mon, 19 Nov 2007 11:35:00 -0800
后知后觉，现在才知道 Zotero，一个 FireFox 浏览器扩展，帮助收集、管理、和引用研究资料。学习使用了一会儿，觉得很值得推荐。
1、自动从网页上抓取引用信息。支持大多数学术文献网站，甚至还包括 Amazon 这样的商业网站。这里有个支持网站列表，不过我试了下OpticsInfoBase，似乎并不行。

2、保存 PDF，文件，图片，链接和整个网页。

3、可灵活做注解，自动保存。

4、快速搜索。

5、类似播放列表的资料管理方式，包括标签、搜索保存。

6、提供扩展到其它网络工具和服务的平台。

7、直接在浏览器中运行。

8、输出格式化的引文。

9、免费、开源。

10、与 Microsoft Word 和 OpenOffice 集成。

11、多种语言支持。

12、有插件，可让 WordPress 支持 zotero。
用下来，唯一觉得不太方便的是资料保存在本地电脑，所以在家里就没法使用在单位收集的资源库。不过 Zotero 正在开发这方面的功能，未来，Zotero 将允许在任何地方访问资料库。
另一个不足之处是缺乏社会性，是单个人的资料收集，将来也会对此做些改进。
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科学报道沙龙
Yan — Thu, 15 Nov 2007 14:42:46 -0800
科学报道沙龙（前身是科学记者沙龙，格致之前提到过）将于2007 年11 月16 日在北京举行启动仪式。

科学报道沙龙是一个由科学传播工作者自愿组成的、旨在改善和丰富科学新闻报道并促进同行交流的公益性网络。沙龙以网站为依托，组织线上和线下的交流活动。
沙龙网站内容由以下几方面组成：每周更新的重要学术会议或学术活动预告、科学新闻业内资讯、新闻线索推荐、培训奖励或工作机会等；互动的供业务探讨和交流信息的留言板；世界科学记者联盟在线教程、科学传播电子指南、经过授权的科学家或记者的科学报道业务讨论文章等。沙龙线下活动原则上平均每两月一次，可根据届时的热点话题灵活确定，形式可以是交流研讨、集体采访、专家讲座或者专题培训。
沙龙管理员为李虎军和贾鹤鹏。
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Michael Nielsen 要转变方向
Yan — Tue, 09 Oct 2007 08:53:22 -0700

量子信息和量子计算领域的年轻大牛Michael Nielsen 最近在 blog 上明确说，他将改变方向，专注于开发用于科学协作与出版的新工具。众人都说他很有勇气。我认为不只是勇气而已，他的决定也很有前瞻性。过些年就知道他的决定是否正确了。


他的这个转变也不是突然的。首先，他是位资深科学 blogger，远在众多科学家认识到 blog 的重要意义前就开始了；另外，他着手做一个叫 The Academic Reader 的项目也已经有段时间；前不久，他在 blog 上宣布说，正在写一本关于科学的未来的书。


需要他这样的大牛带头，来推进科学交流的变革。

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网络时代的学术出版
Yan — Thu, 20 Sep 2007 12:11:37 -0700
snowyowls 最近有个帖子：在blog上发表论文，提到 blog 与学术发表的类似之处，并提出了一些目前用 blog 系统发表论文的一些问题。
同行评审的问题：现有的学术期刊系统中，同行评审制度，只有通过同行评审的论文才能够正式发表；而blog系统中没有类似的制度，独立的blogger可以任意发布其文章。一些网络社区也有类似的同行评审制度，比如观鸟记录中心，但进行同行评审的前提是，所有的内容提交者都处于同一个网络社区中，对于散布于世界各个角落的科研论文发布者来说，需要其他的方式来实现同行评审。或许可以采取变通的方法，将同行评审从发布环节后撤到收录环节——只有通过了同行评审的论文才能够被专门的搜索引擎收录。
现在有种想法是，取消发表前的同行评审，对文章的评价和过滤在发表后进行，通过类似 digg 的形式，或者类似 pagerank 的算法。
实名的问题：发布科学论文需要发布者实名署名，blog在技术层面上，并没有强制实名的可能性，在一些国家，已经实行了blogger的实名制，但这是在公权力的介入下实现的。科研工作者遍布全世界，显然不可能依靠公权力的介入来实现论文发表系统的实名制，那么依靠什么方式保证实名发表论文，这是一个问题。
为什么发布科学论文需要实名呢？不解。
署名的问题：科研工作通常都是团队工作，现在的学术论文单人署名的几乎已经绝迹，而blog虽然可以支持多人共同编辑一个blog但是却无法支持多人共同署名同一篇文章。或许引入一些wiki系统的元素可以解决署名的问题。
这不是一个问题吧。
更改的问题：科研人员不希望自己阅读的论文是不断变化的，相同的试验，昨天看是一套数据，今天看就变成了另一套数据，这显然是极不靠谱的事情，所以科学论文发表系统需要控制发布者的修改权限。而blog系统中，bolg的主人是可以随时修改以前发布的任何文章。这是需要解决的另一个问题。
我倒觉得随时能更改是网络带来的大便利，也是将来学术出版发展趋势。让文章反映最新结果，最新发现，有利于学术交流。而交流，应该是学术出版的原始目的。
另外，未来的学术出版可能不再是以八股论文为主要形式。很可能是类似 Wiki 的集体创作与微发表相结合，这里的微发表（micropublication）指的是即时的阶段性成果发表。跟写 blog 一样，有一点想法，有一点发现就写出来，加速交流。
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Scifoo Lives On
Yan — Fri, 24 Aug 2007 13:12:04 -0700
自然出版社在第二人生有几个小岛，Jean-Claude Bradley 在其中一个小岛上建了一个区域叫 Scifoo Lives On。因为他觉得 Scifoo Camp 2007 时间太短，很多话题都没能讨论，所以他建立这个虚拟世界的会议场所作为 scifoo 的延续。已经安排了三个会议：
Aug 20, 2007 9:00 PT/16:00 GMT, Tools for Open Science

Aug 27, 2007 9:00 PT/16:00 GMT, Medicine and Web 2.0

Sept 4, 2007 9:00 PT/16:00 GMT, Definitions of Open Science
在 Nascent  和  Useful Chemistry 可以看到关于第一个会议情况的报道。
挺好玩的。就是他们为啥放在周一，还是我的上班时间，不然可以去凑热闹。我在第二人生的账号是 Bor Boram。
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南京三中将在周日通联国际空间站
moses — Wed, 22 Aug 2007 02:00:52 -0700
通联预定时间：2007年8月26日(周日)北京时间18:44到18:54

通联双方呼号：南京三中(BY4RRR)，国际空间站(NA1SS)

通联频率：下行频率-145.80 MHz 上行频率-437.80 MHz (同时在Echolink转播)


活动介绍: http://tech.qq.com/zt/2007/yuhangyuan/index.htm

http://2883752.blog.163.com/blog/static/3015747920077221628490/
网上收听: http://www.discoveryreflector.ca/
预计提问问题：

1. Can you see the Great Wall from the ISS?

2. Do you sweat in the space and how do you handle it?

3. If air leak happens in the ISS, what emergency actions will be taken?

4. How do you handle the waste generated in the space?

5. Is it very quiet on the ISS?

6. What does your family think of your work in the space?

7. On the ISS, in which direction will the plants grow?

8. How do you maintain oxygen supply on the ISS?

9. What does it feel like when you go through the black-out-area?

10. Is there any robot on board the ISS?

11. How far does the ISS fly per hour?

12. How can you keep ISS on its own orbit?

13. What if you happen to get sick?

14. What if you lost connection with the ground? Is it possible for the spacecraft to go back to the earth automatically?

15. Have you ever seen some space junk with your own eyes?

16. Does earth look any different from it used to be?

17. What is the longest distance between the ISS and the earth?

18. Which time zone do you use in the space?

19. What do you feel about space walk (EVA)?

20. What do the stars look like in the space?
附：

全球的业余无线电爱好者可以通过Echolink和IRLP收听通联现场的盛况，以下节点将在通联当日同步进行现场直播。

Echolink

Conference

*JSDXC*

*AMSAT*

*JK1ZRW*

IRLP

#3374
所有全程收听转播的爱好者可以向南京第三中学业余电台BY4RRR寄出收听报告，并获得精美的特制纪念QSL卡片一张。
本次通联可能在http://www.discoveryreflector.ca 上直播

本次活动的官网：http://tech.qq.com/zt/2007/yuhangyuan/index.htm

通信地址：210009 江苏南京芦席营14号2-407 王龙
或：南京三中业余电台 BY4RRR

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即将来临的学术交流变革
Yan — Mon, 20 Aug 2007 14:03:56 -0700
The Coming Revolution in Scholarly Communications & Cyberinfrastructure, CTWatch Quarterly 07年8月期。可全文阅读，内容包括：
											Introduction					

		Lee Dirks, Microsoft Corporation

Tony Hey, Microsoft Corporation


											The Shape of the Scientific Article in The Developing Cyberinfrastructure					

	Clifford Lynch, Coalition for Networked Information (CNI) 


											Next-Generation Implications of Open Access					

Paul Ginsparg, Cornell University 

											Web 2.0 in Science					

Timo Hannay, Nature Publishing 

											Reinventing Scholarly Communication for the Electronic Age					

J. Lynn Fink, University of California, San Diego

Philip E. Bourne, University of California, San Diego

						Interoperability for the Discovery, Use, and Re-Use of Units of Scholarly Communication					

Herbert Van de Sompel, Los Alamos National Laboratory

Carl Lagoze, Cornell University

											Incentivizing the Open Access Research Web					

Tim Brody, University of Southampton, UK

Les Carr, University of Southampton, UK

Yves Gingras, Université du Québec à Montréal (UQAM)

Chawki Hajjem, Université du Québec à Montréal (UQAM)

Stevan Harnad, University of Southampton, UK; Université du Québec à Montréal (UQAM)

Alma Swan, University of Southampton, UK; Key Perspectives 

											The Law as Cyberinfrastructure					

Brian Fitzgerald, Queensland University of Technology, Australia

Kylie Pappalardo, Queensland University of Technology, Australia
						Cyberinfrastructure For Knowledge Sharing					

John Wilbanks, Scientific Commons
											Trends Favoring Open Access					

Peter Suber, Earlham College
读者里面一定有不少人和我一样对这方面内容感兴趣，如果格致能一直坚持下去，一定能见证这个变革。
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Michael Nielsen 谈科学的未来
Yan — Thu, 16 Aug 2007 14:09:48 -0700
Michael Nielsen 最近又开始活跃地 blog 起来。最近一个帖子提到，他也在考虑网络对科学的影响，并已经开始起草一本相关的书，在未来几个礼拜内会贴出一个摘要。摘要将谈到这些内容：
Micropublication（微发表）: Allowing immediate publication in small incremental steps, both of conventional text, and in more diverse media formats (e.g. commentary, code, data, simulations, explanations, suggestions, criticism and correction). All are to be treated as first class fully citable publications, creating an incentive for people to contribute far more rapidly and in a wider range of ways than is presently the case.
Open source research（开源研究）: Using version control systems to open up scientific publications so they can be extended, modified, reused, refactored and recombined by other users, all the while preserving a coherent and citable record of who did what, and when.
The future of peer review（同行评议的未来）: The present quality assurance system relies on refereeing as a filtering system, prior to publication. Can we move to a system where the filtering is done after publication?
Collaboration markets（合作市场）: How can we fully leverage individual expertise? Most researchers spend much of their time reinventing the wheel, or doing tasks at which they have relatively little comparative advantage. Can we provide mechanisms to easily outsource work like this?
Legacy systems and migration（旧体制，以及移植）: Why is it that the scientific community has been so slow to innovate on the internet? Many of the ideas above no doubt look like pipedreams. Nonetheless, I believe that by carefully considering and integrating with today’s legacy incentive systems (citation, peer review, and journal publication), it will be possible to construct a migration path that incentivizes scientists to make the jump to new tools for doing research.
网络对科学的影响是格致从一开始就关注的主题，现在有一个专门的群组：网络与科学，讨论这方面的话题。
Michael Nielsen 不仅是量子信息与计算领域一年轻大牛，而且也属于 web savvy 的科学家。他这样的人开始认认真真地考虑这些事情，让我觉得，这样的变革（所谓科学 2.0）真地会在不久的将来发生。
期待他的详细摘要和新书。
最后八卦一下，他不久前移动到加拿大的 Perimeter Institute for Theoretical Physics，就是 Yidun 所在的研究所。
补充：他已经贴出关于 Micropublication 和 open source research 的摘要。
网络与科学



Scifoo 2007
Yan — Mon, 06 Aug 2007 14:13:09 -0700

刚过去这个周末最有意思的事情当属 scifoo 2007 了。参看去年我对 scifoo 的介绍。
今年的变化是，参加者可以自由地报道 scifoo 上的所见所闻了，所以可以从blog 圈里了解到许多信息。
太赞了，什么时候我们中文世界也能组织这样的活动啊。
网络与科学



PhysicsWeb.org 变成了 PhysicsWorld.com
Yan — Fri, 03 Aug 2007 08:59:50 -0700
我最喜欢的物理新闻网站 PhysicsWeb，改名为 PhysicsWorld 了。
Physicsworld.com -- the new name and new look for physicsweb.org, launching on Monday 30 July, physicsworld.com is the new name for physicsweb.org, brought to you by the publishers of Physics World magazine. Daily news remains the centrepiece of the site, but there will be new features too. Apart from a clean, new look, physicsworld.com will have space for in-depth features, facilities to let you comment on stories you've read, as well as access to a digital version of Physics World magazine for all members of the Institute of Physics. The site also has a revamped jobs portal, with access to careers services from the Institute... 
这样子与它出版的杂志同名了。由 org 变为 com 是否意味着某种转型？
网络与科学



虚拟世界的科学研究潜力
Yan — Thu, 02 Aug 2007 06:06:27 -0700
Science 上一篇文章：The Scientific Research Potential of Virtual Worlds。via：姬十三
Online virtual worlds, electronic environments where people can work and interact in a somewhat realistic manner, have great potential as sites for research in the social, behavioral, and economic sciences, as well as in human-centered computer science. This article uses Second Life and World of Warcraft as two very different examples of current virtual worlds that foreshadow future developments, introducing a number of research methodologies that scientists are now exploring, including formal experimentation, observational ethnography, and quantitative analysis of economic markets or social networks.
听起来挺有趣的。记忆中，已经有过不少以社会性软件为对象的研究论文了。自己做一个网站，然后以它的统计数据来发表研究论文，这似乎挺酷的。
一个相关的信息，也许有人还不知道：如果想在 second life 上做一点科学相关的探索，可以联系自然出版社，他们可以给你一点 second life 的土地。说明在这里。
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Nature Precedings
Yan — Wed, 20 Jun 2007 13:26:33 -0700
自然出版社又发布了一个新网站：Nature Precedings，a place for researchers to share pre-publication research, unpublished manuscripts, presentations, posters, white papers, technical papers, supplementary findings, and other scientific documents. 类似物理科学领域的 arXiv。
The traditional way for scientists to share their research results is through journals. These have the benefit of being peer-reviewed, citable and archival, but as a communication channel they are also relatively slow and expensive. As a complement to this, scientists also use more immediate and informal approaches, such as preprints (i.e., unpublished manuscripts), conference papers and presentations. The trouble is, these usually aren't easy to share in a truly globally way (most repositories are institution- or funder-specific), and you can't formally cite them (which is important because citation underlies the scientific credit system).
Nature Precedings is trying to overcome those limitations by giving researchers a place to post documents such as preprints and presentations in a way that makes them globally visible and citable. Submissions are filtered by a team of curators to weed out obviously inappropriate material, but there's no peer-review so accepted contributions appear online very quickly -- usually within a couple of hours. The content is all released under a Creative Commons Attribution License, and each item is made citable using a DOI or Handle (the same systems used for peer-reviewed scholarly papers).
A similar approach has long been the norm in physics, where the the arXiv.org preprint server at Cornell provides an indispensible source of up-to-the-minute reports (the main reason that Nature Precedings doesn't attempt to cover physics). We're hoping to catalyse a similar degree of openness and cooperation among researchers in other disciplines. Because Nature Precedings isn't peer-reviewed (to be more accurate, the submissions are subjected to open review *after* their release, through user comments and votes), we see it as complementing rather than competing with traditional journals, just as arXiv.org operates alongside the peer-reviewed journals in physics.
The service is free to authors and readers alike. 
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Scintilla
Yan — Fri, 15 Jun 2007 13:20:45 -0700
继 Postgenomic, Connotea, 和 Nature Network 之后，自然出版社又推出一个新的 Web 2.0 服务，Scintilla。Scintilla（火花）基本上是个新闻/blog/论文聚合器，不过它还有评分、推荐等功能。有了各种 rss reader，digg 之后，不知道还有谁愿意转而用这个服务。Scintilla 是用 drupal 建的，Nature 做了一些 core hacks，和几个定制模块。
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赛族
Yan — Wed, 13 Jun 2007 12:17:33 -0700
如果你现在搜索赛族，得到的结果都是关于赛车一族的网站。不过这个赛族，是科学一族的意思，科学在中国还有个赛先生的称谓，对吧。这个网站专门给科学实践者、爱好者们提供基于 WordPress 的 blog 服务。基本想法是通过这种垂直平台，增进科学 bloggers 之间的交流。



赛族网站背后的技术和空间支持是七十二松，它是一个新兴的 blog 服务，很有特色。对赛族的潜在使用者来说，最值得一提的有：

使用 WordPress 所以可以轻松导入导出；
个性化服务，可以绑定自己的域名；
在欧洲、美洲、和中国大陆都有镜像（主机将挪到国内，方便教育网用户访问）；
专业 blog 特殊功能，比如公式输入等（即将推出）；
科学交流氛围。

关于赛族的详细介绍见这里（其实不比这个帖子里说的多多少 :-(）。如果你喜欢赛族，想使用赛族的 blog 服务，可以留言或者 email 我。现在已经在赛族上 blog 的有王一，他正在写宇宙学的科普。
所以过不了多久，搜索赛族，找到的就是赛先生门徒们了。：）
更新：赛族不开放注册，且只面向特定人群，所以大家申请时给个现有 blog 的链接，或者简单介绍一下自己。特别欢迎以下朋友：

科学研究第一线的年轻科学工作者，博士生、研究生；
知名教授、学者当然也欢迎；:P
科技作家，科技记者；科普作家；
以及其他对科学感兴趣，理解科学的朋友。

网络与科学

网络与科学

iResearch

Science 2.0 多伦多

WizFolio，又一个文献管理工具

Mendeley

Zotero 2.0 发布

Doing science in the open

physicsworld.com Blog

arXiview

科学报道与科学博客

Zotero 1.5

社会科学的数字化

专访微软副总裁：eScience，科学研究的革命

Mendeley

11月8号科学blog圈聚会简记

Scirus - for scientific information

Cosmic Variance 迁移到《发现》杂志

crossref.org : : dois for research content

纳米技术视频杂志

Beta blockers?

地球村的先驱们

The global-village pioneers

Drupal For Educators And Academics

Mememoir: A Better Wiki For Science

谁在评论科学论文？为什么？

高能物理将因特网引入中国

Publish or perish：发表或灭亡

大敞科学之门-《环球科学》

OJS － 开放期刊系统

盲人摸象新编

inner life of the cell

细胞凋亡

物理学家很不满，问题很严重

《科学美国人》关于科学 2.0 的文章

科学和开源精神

伯克利网络课程

Physics 10 - Physics for Future Presidents

Zotero，下一代研究工具

科学报道沙龙

Michael Nielsen 要转变方向

网络时代的学术出版

Scifoo Lives On

南京三中将在周日通联国际空间站

即将来临的学术交流变革

Michael Nielsen 谈科学的未来

Scifoo 2007

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Scintilla

赛族

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