格致

著名物理学旗舰杂志《物理评论快报》不允作者将来自其出版论文的材料递交到维基百科或写到博客上。最近，杂志撤消了两篇已接受的论文，Jonathan Oppenheim和其他共同作者要求论文的版权协议应该与 Wikipedia和Quantum Wikipedia保持一致。目前许多科学家“像例行公事般的做违反与杂志签署的版权转让协议的事”。38位物理学家写信给杂志社要求修改版权政策，认为“它是不合理的，完全与科学领域的做法有差别。科学家都希望让尽可能多的人阅读他们的论文”。抗议可能起了些效果，美国物理学会杂志主编表示学会将在5月份的会议上重新评论版权政策，他说“一些优秀的科学家要求我们考虑修订版权，我们会认真对待”。via: solidot

//鼓掌

Science 2.0: Great New Tool, or Great Risk? 这是文章的题目，有兴趣的可去看看。文章的话题，比如：科学界对 blog，wiki 等 web 2.0 技术的接纳利用；开放研究，等等，格致上都有过涉猎。读完这篇文章，唯一的感触是：科学界的惯性真大。

这篇文章的主要亮点是：它其实还是草稿，作者鼓励读者评论，他会根据这些反馈改进，正式的印刷版本要在几个月后才出来。作者把这种过程叫“networked journalism”。

这是围绕Christopher Kelty的文章“Free Science”的介绍和评论。
开源软件和科学需要相同的成功要素：同行评议，可以审查复制的公开数据，维护学术自由、信用、文明和声望的社区文化。

二者都有深刻的社会意义。科学和技术是社会前进的必要条件。信息技术已经成为现代社会的支柱；开源软件所提出的问题正是它如何为全社会而不是特殊集团服务。
这就引进了社会资源分配的问题。对科学而言，资源分配的政治经济问题不能干预学术规范。科学只有独立于利益冲突之外，维护开放性评议和审查的原则，才能达到追求知识的目标。像Kelty说的，“Withouth these, science is bought and sold by the highest bidder”。可以收买的科学不是真正的科学。对于开源软件，在商业世界中维护独立性和开放性也是关键的一点。

Kelty接下来对科学的运作、资助和评价作了进一步的分析。他用了波义耳发现气相定律的例子，并和开源软件的运作作了比较。当然科学和开源社区都不是生活在理想的世界里。然而他们都遵循开放精神的价值取向。

Kelty引用了Robert K. Merton的研究，指出科学社区的“潜规则”：普遍性、共享性、独立性和理性的怀疑精神（很象开源社区的“黑客理念”吧？－）。尽管这些不形成法律上或技术上的约束，科学的社会建制是围绕它们形成的。（这些规则不兼容任何意识形态，所以围绕“主义”建设科学只能是缘木求鱼。）

这个这个，非常之火星了。不过还是得提一提，万一有人不知道呢。

webcast.berkeley，加州伯克利大学把许多教学课程以及学术报告之类，以音频或者视频的形式放到了网上，可订阅、下栽。

他们还把一部分内容上传到了 Google Video 和 Youtube 上。我又把一部分贴到了这里，比如：SIMS 141 - 搜索引擎，Physics 10 - Physics for Future Presidents，Chemistry 3B，等等。

现在网上的开放教育材料非常多，唯一的隔阂是语言了。不知道有没有中文的类似网络课程。或者有人能把它们翻译成中文也好。

Physics 10: Physics for Future Presidents. Spring 2006. Professor Richard A. Muller. The most interesting and important topics in physics, stressing conceptual understanding rather than math, with applications to current events. Topics covered may vary and may include energy and conservation, radioactivity, nuclear physics, the Theory of Relativity, lasers, explosions, earthquakes, superconductors, and quantum physics. [courses] [physics10] [spring2006] Credits: lecturer:Professor Richard A. Muller, producers:Educational Technology Services

后知后觉，现在才知道 Zotero，一个 FireFox 浏览器扩展，帮助收集、管理、和引用研究资料。学习使用了一会儿，觉得很值得推荐。

1、自动从网页上抓取引用信息。支持大多数学术文献网站，甚至还包括 Amazon 这样的商业网站。这里有个支持网站列表，不过我试了下OpticsInfoBase，似乎并不行。
2、保存 PDF，文件，图片，链接和整个网页。
3、可灵活做注解，自动保存。
4、快速搜索。
5、类似播放列表的资料管理方式，包括标签、搜索保存。
6、提供扩展到其它网络工具和服务的平台。
7、直接在浏览器中运行。
8、输出格式化的引文。
9、免费、开源。
10、与 Microsoft Word 和 OpenOffice 集成。
11、多种语言支持。
12、有插件，可让 WordPress 支持 zotero。

用下来，唯一觉得不太方便的是资料保存在本地电脑，所以在家里就没法使用在单位收集的资源库。不过 Zotero 正在开发这方面的功能，未来，Zotero 将允许在任何地方访问资料库。

另一个不足之处是缺乏社会性，是单个人的资料收集，将来也会对此做些改进。

科学报道沙龙（前身是科学记者沙龙，格致之前提到过）将于2007 年11 月16 日在北京举行启动仪式。

科学报道沙龙是一个由科学传播工作者自愿组成的、旨在改善和丰富科学新闻报道并促进同行交流的公益性网络。沙龙以网站为依托，组织线上和线下的交流活动。

沙龙网站内容由以下几方面组成：每周更新的重要学术会议或学术活动预告、科学新闻业内资讯、新闻线索推荐、培训奖励或工作机会等；互动的供业务探讨和交流信息的留言板；世界科学记者联盟在线教程、科学传播电子指南、经过授权的科学家或记者的科学报道业务讨论文章等。沙龙线下活动原则上平均每两月一次，可根据届时的热点话题灵活确定，形式可以是交流研讨、集体采访、专家讲座或者专题培训。

沙龙管理员为李虎军和贾鹤鹏。

量子信息和量子计算领域的年轻大牛Michael Nielsen 最近在 blog 上明确说，他将改变方向，专注于开发用于科学协作与出版的新工具。众人都说他很有勇气。我认为不只是勇气而已，他的决定也很有前瞻性。过些年就知道他的决定是否正确了。

他的这个转变也不是突然的。首先，他是位资深科学 blogger，远在众多科学家认识到 blog 的重要意义前就开始了；另外，他着手做一个叫 The Academic Reader 的项目也已经有段时间；前不久，他在 blog 上宣布说，正在写一本关于科学的未来的书。

需要他这样的大牛带头，来推进科学交流的变革。

snowyowls 最近有个帖子：在blog上发表论文，提到 blog 与学术发表的类似之处，并提出了一些目前用 blog 系统发表论文的一些问题。

同行评审的问题：现有的学术期刊系统中，同行评审制度，只有通过同行评审的论文才能够正式发表；而blog系统中没有类似的制度，独立的blogger可以任意发布其文章。一些网络社区也有类似的同行评审制度，比如观鸟记录中心，但进行同行评审的前提是，所有的内容提交者都处于同一个网络社区中，对于散布于世界各个角落的科研论文发布者来说，需要其他的方式来实现同行评审。或许可以采取变通的方法，将同行评审从发布环节后撤到收录环节——只有通过了同行评审的论文才能够被专门的搜索引擎收录。

现在有种想法是，取消发表前的同行评审，对文章的评价和过滤在发表后进行，通过类似 digg 的形式，或者类似 pagerank 的算法。

实名的问题：发布科学论文需要发布者实名署名，blog在技术层面上，并没有强制实名的可能性，在一些国家，已经实行了blogger的实名制，但这是在公权力的介入下实现的。科研工作者遍布全世界，显然不可能依靠公权力的介入来实现论文发表系统的实名制，那么依靠什么方式保证实名发表论文，这是一个问题。

为什么发布科学论文需要实名呢？不解。

署名的问题：科研工作通常都是团队工作，现在的学术论文单人署名的几乎已经绝迹，而blog虽然可以支持多人共同编辑一个blog但是却无法支持多人共同署名同一篇文章。或许引入一些wiki系统的元素可以解决署名的问题。

这不是一个问题吧。

自然出版社在第二人生有几个小岛，Jean-Claude Bradley 在其中一个小岛上建了一个区域叫 Scifoo Lives On。因为他觉得 Scifoo Camp 2007 时间太短，很多话题都没能讨论，所以他建立这个虚拟世界的会议场所作为 scifoo 的延续。已经安排了三个会议：

Aug 20, 2007 9:00 PT/16:00 GMT, Tools for Open Science
Aug 27, 2007 9:00 PT/16:00 GMT, Medicine and Web 2.0
Sept 4, 2007 9:00 PT/16:00 GMT, Definitions of Open Science

在 Nascent 和 Useful Chemistry 可以看到关于第一个会议情况的报道。

挺好玩的。就是他们为啥放在周一，还是我的上班时间，不然可以去凑热闹。我在第二人生的账号是 Bor Boram。

通联预定时间：2007年8月26日(周日)北京时间18:44到18:54
通联双方呼号：南京三中(BY4RRR)，国际空间站(NA1SS)
通联频率：下行频率-145.80 MHz 上行频率-437.80 MHz (同时在Echolink转播)

The Coming Revolution in Scholarly Communications & Cyberinfrastructure, CTWatch Quarterly 07年8月期。可全文阅读，内容包括：

Introduction
Lee Dirks, Microsoft Corporation
Tony Hey, Microsoft Corporation

The Shape of the Scientific Article in The Developing Cyberinfrastructure
Clifford Lynch, Coalition for Networked Information (CNI)

Next-Generation Implications of Open Access
Paul Ginsparg, Cornell University

Web 2.0 in Science
Timo Hannay, Nature Publishing

Reinventing Scholarly Communication for the Electronic Age
J. Lynn Fink, University of California, San Diego
Philip E. Bourne, University of California, San Diego

Michael Nielsen 最近又开始活跃地 blog 起来。最近一个帖子提到，他也在考虑网络对科学的影响，并已经开始起草一本相关的书，在未来几个礼拜内会贴出一个摘要。摘要将谈到这些内容：

Micropublication（微发表）: Allowing immediate publication in small incremental steps, both of conventional text, and in more diverse media formats (e.g. commentary, code, data, simulations, explanations, suggestions, criticism and correction). All are to be treated as first class fully citable publications, creating an incentive for people to contribute far more rapidly and in a wider range of ways than is presently the case.

Open source research（开源研究）: Using version control systems to open up scientific publications so they can be extended, modified, reused, refactored and recombined by other users, all the while preserving a coherent and citable record of who did what, and when.

The future of peer review（同行评议的未来）: The present quality assurance system relies on refereeing as a filtering system, prior to publication. Can we move to a system where the filtering is done after publication?

Collaboration markets（合作市场）: How can we fully leverage individual expertise? Most researchers spend much of their time reinventing the wheel, or doing tasks at which they have relatively little comparative advantage. Can we provide mechanisms to easily outsource work like this?

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刚过去这个周末最有意思的事情当属 scifoo 2007 了。参看去年我对 scifoo 的介绍。

今年的变化是，参加者可以自由地报道 scifoo 上的所见所闻了，所以可以从blog 圈里了解到许多信息。

太赞了，什么时候我们中文世界也能组织这样的活动啊。

我最喜欢的物理新闻网站 PhysicsWeb，改名为 PhysicsWorld 了。

Physicsworld.com -- the new name and new look for physicsweb.org, launching on Monday 30 July, physicsworld.com is the new name for physicsweb.org, brought to you by the publishers of Physics World magazine. Daily news remains the centrepiece of the site, but there will be new features too. Apart from a clean, new look, physicsworld.com will have space for in-depth features, facilities to let you comment on stories you've read, as well as access to a digital version of Physics World magazine for all members of the Institute of Physics. The site also has a revamped jobs portal, with access to careers services from the Institute...

这样子与它出版的杂志同名了。由 org 变为 com 是否意味着某种转型？

Science 上一篇文章：The Scientific Research Potential of Virtual Worlds。via：姬十三

Online virtual worlds, electronic environments where people can work and interact in a somewhat realistic manner, have great potential as sites for research in the social, behavioral, and economic sciences, as well as in human-centered computer science. This article uses Second Life and World of Warcraft as two very different examples of current virtual worlds that foreshadow future developments, introducing a number of research methodologies that scientists are now exploring, including formal experimentation, observational ethnography, and quantitative analysis of economic markets or social networks.

听起来挺有趣的。记忆中，已经有过不少以社会性软件为对象的研究论文了。自己做一个网站，然后以它的统计数据来发表研究论文，这似乎挺酷的。

一个相关的信息，也许有人还不知道：如果想在 second life 上做一点科学相关的探索，可以联系自然出版社，他们可以给你一点 second life 的土地。说明在这里。

自然出版社又发布了一个新网站：Nature Precedings，a place for researchers to share pre-publication research, unpublished manuscripts, presentations, posters, white papers, technical papers, supplementary findings, and other scientific documents. 类似物理科学领域的 arXiv。

The traditional way for scientists to share their research results is through journals. These have the benefit of being peer-reviewed, citable and archival, but as a communication channel they are also relatively slow and expensive. As a complement to this, scientists also use more immediate and informal approaches, such as preprints (i.e., unpublished manuscripts), conference papers and presentations. The trouble is, these usually aren't easy to share in a truly globally way (most repositories are institution- or funder-specific), and you can't formally cite them (which is important because citation underlies the scientific credit system).

Nature Precedings is trying to overcome those limitations by giving researchers a place to post documents such as preprints and presentations in a way that makes them globally visible and citable. Submissions are filtered by a team of curators to weed out obviously inappropriate material, but there's no peer-review so accepted contributions appear online very quickly -- usually within a couple of hours. The content is all released under a Creative Commons Attribution License, and each item is made citable using a DOI or Handle (the same systems used for peer-reviewed scholarly papers).

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继 Postgenomic, Connotea, 和 Nature Network 之后，自然出版社又推出一个新的 Web 2.0 服务，Scintilla。Scintilla（火花）基本上是个新闻/blog/论文聚合器，不过它还有评分、推荐等功能。有了各种 rss reader，digg 之后，不知道还有谁愿意转而用这个服务。Scintilla 是用 drupal 建的，Nature 做了一些 core hacks，和几个定制模块。

如果你现在搜索赛族，得到的结果都是关于赛车一族的网站。不过这个赛族，是科学一族的意思，科学在中国还有个赛先生的称谓，对吧。这个网站专门给科学实践者、爱好者们提供基于 WordPress 的 blog 服务。基本想法是通过这种垂直平台，增进科学 bloggers 之间的交流。

赛族网站背后的技术和空间支持是七十二松，它是一个新兴的 blog 服务，很有特色。对赛族的潜在使用者来说，最值得一提的有：

• 使用 WordPress 所以可以轻松导入导出；
• 个性化服务，可以绑定自己的域名；
• 在欧洲、美洲、和中国大陆都有镜像（主机将挪到国内，方便教育网用户访问）；
• 专业 blog 特殊功能，比如公式输入等（即将推出）；
• 科学交流氛围。

关于赛族的详细介绍见这里（其实不比这个帖子里说的多多少 :-(）。如果你喜欢赛族，想使用赛族的 blog 服务，可以留言或者 email 我。现在已经在赛族上 blog 的有王一，他正在写宇宙学的科普。

所以过不了多久，搜索赛族，找到的就是赛先生门徒们了。：）

更新：赛族不开放注册，且只面向特定人群，所以大家申请时给个现有 blog 的链接，或者简单介绍一下自己。特别欢迎以下朋友：

1. 科学研究第一线的年轻科学工作者，博士生、研究生；
2. 知名教授、学者当然也欢迎；:P
3. 科技作家，科技记者；科普作家；
4. 以及其他对科学感兴趣，理解科学的朋友。

从 Ma Yue 的英文 blog 了解到，AIP 的 Scitation 的文献搜索结果可以通过 rss 订阅了。它的数据库除 Scitation 外，还包含有 SPIN。不过后者需要订阅，rss feed 就等于没用了。但是，Scitation 包含的杂志数量已经非常巨大了，主要的物理类杂志基本都有了。

这个视频是 Peter Murray-Rust 去年 9 月在 Google Tech Talks 做的报告。先是批判了一下现有学术出版过程的弊端，实验数据和结果，因各种人为因素不能被同行和大众方便地使用。然后，介绍了他们在化学领域的一些实践，比如用 Google API 和 PubChem 做的一个 Mashup 等等。我特别注意到他说：“Chemistry is the most tractable discipline for the semantic web - most chemistry can be turned into XML with little semantic loss, using Chemical Markup Language and complementary MLs such as XHTML, MathML and SVG.”似乎很有道理。我自然地会想能否把同样的思路应用到其他学科。

他不喜欢 ppt，这个还不太特别；他也不喜欢 pdf，这个就比较有个性了。他说，把语义数据转换成 pdf，实际上破坏了所有东西。而要把 pdf 转换回到语义数据，就像把汉堡包转换回牛一样不可能。：）

所以他用 html 来做报告。看他在报告过程中，不停地点链接，选书签。结果他们的服务器不幸地正好出了问题。。。下面是他报告的摘要。

VideoLectures.net 这个网站有不少学科的演讲、授课、辅导、和采访视频。说不定能找到你感兴趣的。

这个列表是由 T. Troy McConaghy 做的。如果你有 Second Life 的账号，可以直接去这里点击那个招牌看最新版本。如果不知道 Second Life 是什么，可以参看 WikiPedia 上的介绍。

*********************************
Science-Related Places in Second Life
*********************************

v1.25 - Last Updated: April 14, 2007
IM Troy McLuhan if there is something missing or incorrect on this list.

This notecard used to contain landmarks, but SL kept moving them around randomly, so now it contains SLURLS (Second Life URLs). You can copy them into your web browser, but there's another way that lets you stay inworld:

1. Copy the SLURL of the place
2. Paste it into chat and press Enter (or Return)
3. Open your chat history (CTRL H)
4. Click on the underlined SLURL in your chat history window
5. A Map should open with a red circle marking the place. Click the Teleport button

An alternative is to copy the SLURL into an IM.

* Aimee Weber's Lab (Contact: Aimee Weber)
http://slurl.com/secondlife/Emerce%20Een/149/224/31

* Aspects of Appearance - An NPL Exhibition (Contact: Davee Commerce or Troy McLuhan)
http://slurl.com/secondlife/Info%20Island%20II/217/89/23

* Cafe Fireball - McMaster University Faculty of Engineering (Contact: Medium Helvetic)
http://slurl.com/secondlife/Info%20Island%20II/234/244/23

* The Caledon Tesla Society (Contact: ambiant Kukulcan)
http://slurl.com/secondlife/Caledon/188/147/23

* Carl Sagan Pavilion by The Illusion Factory (Contact: Nick Sagan in RL at nicksagan.com)
http://slurl.com/secondlife/Illusion%20Factory/15/208/37
Note: You'll have to fly over to the Carl Sagan Pavilion once at the Illusion Factory sim.

自然出版社最近升级了它们的 Nature Network，一个面向科学家们的社会性软件。我去注册了一下。但似乎没什么人活动，不是很好玩（虽然潜在很有趣），就跟格志一样。: ( 无论如何，我在上面建了一个群组，叫Ge Zhi，呵呵。

自然出版社在把 Web 2.0 的技术和理念运用到科学领域这个方面，比较前卫，有很多尝试，但是人气都不是很高，估计也比较无奈。

世界知名学府美国麻省理工1800门课程网上公布 完全免费

　　今年年底之前，世界知名学府、美国麻省理工学院(MIT)全部约1800门课程将向全世界开放。学习者足不出户就可在互联网上学习，并且一切免费。网址：http://ocw.mit.edu/index.html

　　目前，旨在推广应用MIT开放课程的镜像网站已在中国建立，该网站网址：http: //www.core.org.cn/OcwWeb/index.htm。高等学校联合机构“中国开放式教育资源共享”负责该网站的维护。中国学生可以直接登录该网站，免费获取MIT开放课程信息。

　　“开放课程”使教育发挥最大潜能

　　美国《基督教科学箴言报》报道说，位于马萨诸塞州的麻省理工学院2002年开设“开放课程计划”(OCW)网站，现已公布1550门课程资料，今年年底之前其余课程材料也将在网站上公布。

　　至今全世界已有大约120所院校参与到这项计划中。除麻省理工外，马里兰州约翰斯·霍普金斯大学、密歇根州大学、印第安纳州圣母大学、犹他州大学等都是计划合作院校。

　　作为一项“智力慈善事业”，“开放课程计划”提供教学大纲、视频和音频课程、笔记、家庭作业等。参与计划的院校并不鼓励学生注册，只是激发学生的学习热情。

　　麻省理工“开放课程计划”执行主任安妮·马古利斯说:“我们认为，当知识得到公开和自由分享时，教育也能得到最大限度发展。麻省理工利用因特网的力量，把这里编制的所有教育材料分发出去。”

　　远程教育在许多国家方兴未艾。与许多院校相比，麻省理工与合作院校提供的材料数量简直惊人。麻省理工助理教务长玛丽·李说，计划合作院校马萨诸塞州塔夫茨大学提供29门课程，其中每门课内容相当于一本教科书。

Physics World 的新年第一期是一个关于 Physics Web 的特刊。主题包括 open access, blogs, wikis, social tagging, open peer review 等等。 上面甚至有Cosmic Variance 的 Sean 的一个小短文：Blogging for physics，还有一个 blog 评论，讲的是 Chad Orzel 的 Uncertain Principles。整个一期的文章都很值得一读。

今年6月1日至9月30日，《自然》杂志做了个开放同行评议（open peer review）的尝试。在这期间，他们邀请文章通过编辑初期评价的作者尝试开放同行评议。如果作者们同意，他们把文章放在开放服务器上，供公众评论；同时进行标准的同行评议过程。当标准的同行评议过程结束，他们把收到的评论收集起来，然后把文章从服务器上移除。现在，《自然》杂志对这次尝试做了个总结。

作者以及被邀请评论的科学家们，尽管对这个概念挺热心，但是开放同行评议还不是很被接受。

他们给出了一些数据。在这期间，总共有 71 篇文章（5 %）的作者同意他们的文章接受开放的评论；其中，33篇没有收到评论；其它 38 篇（54%）收到 92 个学术性评论；这些评论中，有 49 个是针对 8 篇文章的。

编辑们在对文章做决定时对收到的评论进行了评级：

1. Actively unhelpful
2. Reasonable comments, but no useful information
3. Valid minor points and/or details
4. Major points in line with solicited reviewers' comments
5. Directly influenced publication over and above reviewers' comments

他们发现，没有一个 5 级评论，只有 4 个 4 级评论。

作为定型的评价，编辑们讨论了结果，得出下述观点：

1. A general sense of indifference from key contacts in their fields to the trial, and that it was like 'pulling teeth' to obtain any comments.
2. Direct attempts to solicit comments met with very limited success.