iResearch

注意到美国物理学会（AIP）推出了一个 iPhone/Touch 应用，iResearch：

iResearch is an offline e-reader that enables users to save PDF files locally to their device and view them offline without a Wifi or cellular connection. Users navigate through the journals, the volumes and issues to select an article they wish to read. A user will be automatically logged in with their institutional IP Address if they are online within a qualifying address range, or he/she can enter their username/password to obtain access. When the PDF has been loaded to the device the user can select to save the file locally onto the iPhone/iPod touch. Once the PDF is saved locally the user can read the article off-line.

只支持 AIP 自己的期刊。这似乎只是人为的限制。如果有一个应用，能支持大部分主要期刊，又结合类似 Zotero 这样的文献管理工具的话，就更有用一些。

Science 2.0 多伦多

Science 2.0: What Every Scientist Needs to Know About How the Web is Changing the Way They Work.

The MaRS Centre, 101 College St., Toronto
Wednesday, July 29, 1:00-6:00 pm.

有多伦多的童鞋么？

WizFolio，又一个文献管理工具

现在有一定 Web 2.0 功能的在线文献管理工具真多，在格致介绍过 Zotero，Mendeley，最近又收到 WizFolio 的推广信。据网站上的介绍，它有各种自动添加文献信息的功能，比如使用用快捷键从网站，从 PDF，从剪贴板提取。也可以从 RIS 导入，还有自动补全数据，自动定位 PDF 等等功能。还有就是少不了的， 与同行分享的社会化功能。

看着似乎还不错，但是界面比较丑陋，在加上已经有别的工具了，提不起兴趣来认真测试。

Mountain 推荐了 Mendeley，它是一个网站，同时也是一个桌面程序，可用来管理、分享文献资料。也有一定的社会性软件功能，比如通过兴趣找同行，等等。

试着用了一下，对我来说，Mendeley 最有用最特别的地方也许是可以自动提取 PDF 文档中的 Metadata 了。虽然常常不是太准，但至少有一部分正确输入了。似乎有希望把我的 PDF 库，作成一个数据库了。：）

试了一下它的 shared groups 功能，居然只能邀请 9 个人分享。似乎限制太大了一点，虽然一般情况下，9 个人的合作组已经够大了。

另外，一个值得一提的功能是，支持与 CiteULike 同步。它自己也有 Bookmarklet，可以从网页导入文献信息。

这类软件和网站服务越来越多，作为使用者真不知道该用哪个才好。万一判断失误，将来服务终止／软件停止开发之类，迁移成本还是很高的。

Zotero 2.0 发布

文献管理工具 Zotero 发布了 2.0 版，最主要变化是添加了群组功能。

Doing science in the open

Michael Nielsen 在物理世界的文章，讲解开放科学的话题。有时间的话，真想翻译一下。

physicsworld.com Blog

PhysicsWord 的 blog，学物理的人会很喜欢吧。

Dave Bacon，一位搞量子计算的老 blogger，SciRate 的制作者，最近又鼓捣出一个 iPhone App 来。名字叫 arXiview，就是 arXiv 阅读器，有 iPhone 的童鞋不妨玩玩。我没有 iPhone，只想说声太酷了。

有哪些特别的功能呢？

* Browsing arXiv categories by date. Keep up to date not just on the latest days posting, but postings from the last week or any date you wish. The first iPhone arxiv browser to offer full date browsing.
* Search the arXiv by author, title, full text, with and without restrictions to specific categories of the arXiv.
* Save preprints to your iPhone for later, offline browsing. Organize your offline readings in self-named folders.
* Email yourself or others preprint information for later reference.
* Read PDFs in both landscape and portrait mode.
* Arrange arXiv categories and subcategories in an order of your preference, for quick access.

据说 iTunes App store 上除此之外已经有两个 arXiv 阅读器了。

关于写这个应用程序的来由，以他一惯的风格，说得很幽默。他说，9 个月前他决定找个 tenure track 教职，正好碰上经济危机，给他带来很大的压力。那么，在这样的状态下，一个计算机科学／物理 research professor 做什么呢？那就是写个 iPhone App。有比学 C 语言、写 iPhone App 更好的摆脱焦虑的办法么？

Dave 确实在找教职，zqyin 还听了他的报告，不知道成功没有。

《自然》杂志新一期上有篇专题文章：Science journalism: Supplanting the old media? 文中主要是说美国的事情。在经济危机以及网络冲击的大环境下，传统媒体中科学报道的地位越来越低，科学记者们越来越少，甚至像 CNN 这样的媒体会砍掉专门的科学报道部门。而与此同时，由科学家们写的科学博客却越来越多，越来越热门。很多媒体像 Seed，Discovery 等开辟了专门 blog 网站，邀请科学博客到他们那儿去写。有不少 blogger 去印刷媒体开了专栏，渗透到传统的媒体里面去了。

不了解中国的传统媒体中，科学报道的境况如何，感觉上好像还不错。相反，中国的科学博客，还不是很红火，还是小圈子里面的事情。

Zotero，一个 Firefox 文献管理插件（参看格致之前的介绍），刚发布了 1.5 beta。新版本可自动在多台电脑间同步，并可免费备份到 Zotero 的网站上，这样子可随时随地查阅收藏了。

另外，还发布了相应的 web 服务，可以 follow 别人，可以分享，正往社区方向使劲。我的 zotero 帐号是 yan，目前还没想好是否要公开我的 library。

Zotero 1.5 Features

# Automatic synchronization of collections across multiple computers. For example, sync your PC at work with your Mac laptop and your Linux desktop at home.

# Free automatic backup of your library data at Zotero.org.

# Automatic synchronization of your attachment files to a server of your choice (e.g.

社会科学的数字化

统计方法能够大行其道的根本原因是现在网路和计算机技术的提高，特别是便宜的海量存储给大量的数据分析提供了可能性。现在指导社会科学的先进文化是理工科思维，先进生产力是统计模型，计算机和海量的数据。

网络对社会科学的影响，比对自然科学的影响更为深刻？

专访微软副总裁：eScience，科学研究的革命

托尼·海（Tony Hey）博士曾是一位粒子物理学家，现在专门为计算技术和其他科学研究牵线搭桥。和他的老朋友万维网之父蒂姆·伯纳斯－李（Tim Berners-Lee）一样，他也在关注网络及计算技术的应用——不过他关注的方向并非社会生活，而是科学研究。

Mendeley

Mendeley Desktop is free academic software for managing and sharing research papers.

又一个文献管理与分享工具。

到会各组织、成员及组织特色：
科学松鼠会：姬十三、Yami、猛犸、Gary；年轻而发展迅速的科普blog圈
煎蛋：杨光、帽子；有趣的科普内容译文聚合群体blog
奇迹文库：季燕江；早期做预印本和电子书，现在有做读书会(journal club)的想法
集智俱乐部：Jake；对系统科学及相关问题感兴趣，网上平台有网站、豆瓣组、blog和google group，线下活动丰富多样
格致：Harrison；聚焦科学技术的群体 blog，用户群体较年轻，成员当中海外学子和物理学专业者较多，组织较松散，网站技术较好，有一批关注科学2.0的成员
科学网：孙宁、何姣；中科院旗下《科学时报》的网上官媒，以科研立项方式获得资助，进行科学传播媒体的探索，其“科学网博客”教授和老师用户较多，但目前页面设计方面较陈陋，预计明年改版

关于格致的定位和特色问题的讨论：
1.季燕江老师提出，格致拥有很多海外成员，科学素养很高，但因为地缘上的分散性使得线下活动难以举行。但格致可以与参会的各网站和组织联系，通过合作来组织线下活动。
2.从igezhi.org和wordpress平台下诸多插件的开发来看，自号为“格致管道工”的桑葚技术基础非常好。但从目前格致的状况来看，瓶颈也许不在技术方面。

Scirus - for scientific information

Scirus is the most comprehensive scientific research tool on the web. With over 450 million scientific items indexed at last count, it allows researchers to search for not only journal content but also scientists' homepages, courseware, pre-print server material, patents and institutional repository and website information.

Cosmic Variance，最具人气的物理类博客，本周也转移到《发现》杂志的博客网站。这样子，大多数老牌、知名英文科学 blog 都被传统科普媒体的网站收编了。一个收编众多科学 blog 的典型网站是《Seed》的 ScienceBlogs。

是趋势？是独立 blog 的失败？

crossref.org : : dois for research content

CrossRef is an independent membership association, founded and directed by publishers. CrossRef’s mandate is to connect users to primary research content, by enabling publishers to work collectively.

OAtube Nanotechnology，是一份开放获取的、视频形式的纳米技术杂志，主要收录学术会议报告。杂志的出发点是，相信会议报告对科学发展有更深远的影响。

杂志的主编是王志明，在科学网有博客，也是开放获取的拥护者。

视频形式科技杂志目前最有影响的是 JoVE:Journal of Visualized Experiments。

Beta blockers?

Proprietary data formats may be legally defensible but open standards can be a better spur for innovation.

A lawsuit between Zotero and Thomson Reuters.

《Physics World》十月期上有一篇 arXiv 创建者 Paul Ginsparg 的文章：The global-village pioneers。讲了他个人经历的互联网早期历史，以及它对科学交流已经产生的影响。

没有时间和精力来翻译，列一些有趣的细节：

1、他说他 60 年代末，念初中的时候，就接触电脑了（That meant a 100 baud teletype connected to a remote time-sharing system via an acoustically coupled modem, with paper punch tape as a storage medium for programs written in Basic and PL/I. ）声耦合调制解调器和穿孔纸带存储，都是偶没见过的。Basic 语言学过，但 PL/I 是什么，就没概念了。

2、他 73 年就开始用 email，盖茨是他同学。

3、他提到 Donald Knuth 1984 推出 TeXbook，这样子学者们可以用 email 来做包含 TeX 公式的交流了。TeX 至今还是最为广泛使用的科学论文文字处理语言。

4、1991 年，他转到洛斯阿拉莫斯，开始了 xxx.lanl.gov，就是后来的 arXiv.org，最大的论文预印本存放网站。原来 arXiv 比 WWW 还早，刚开始是个 e-mail/FTP 服务器。

5、1992 年， CERN 的 Tim Berners-Lee 给他发了个 email：“Q: do you know the world-wide-web program?” WorldWideWeb.app 诞生了。

6、他说学术期刊，从某种意义上说，是 Web 2.0 的最早例子。它也是提供某种基本框奖，用户往里存放内容，越是被广泛获取价值越高。确实是这样，学术期刊是学术圈子的一个中心。

The global-village pioneers

Paul Ginsparg, who founded the arXiv e-print archive, recounts the early days of the Web and looks at how it has changed scientific communication

Drupal For Educators And Academics

WikiGenes 是一个关于基因、化学物质、病理等等的 Wiki，它背后的系统叫 Mememoir。Mememoir 与 WikiPedia 背后的系统 WikiMedia 的主要不同在于，它着重集体写作的 wiki 文章的署名问题。从《自然》杂志上的文章和这个演示视频看到，文章中的每个词都链接到具体作者。WikiMedia 通过历史记录原则上也做到了这点，但没有 Mememoir 那么直观。除此之外一个重要特点是引入了针对作者的评价系统。

Solidot 的介绍：

科学界的Wiki——Mememoir 是一个全新的 Wiki，目前以 WikiGenes wiki 的形式进行开发。Wikigenes （Mememoir ）是一个基因信息数据库，由 MIT 的访问学者，瑞士人 Robert Hoffmann 开发。对学术界的科学家来说，著述是他们的生命。在 Wiki 发表学术文章短期内未必会对他们的职称有多大影响，但 Mememoir 多少可以让作者出众，另外，Mememoir 还可以让读者对作者及其文章打分。Mememoir 的开发者还寻求将 Mememoir 开源的可能，Robert Hoffmann 说，这是后期会考虑事，目前正集中精力运行 Wikigenes 项目。 "

自然出版社在考虑开放 nature.com 上的评论功能。最近，他们拿到了 BioMedCentral (BMC) 5 年来网站上的评论数据，做了下简单的数据挖掘，得到一些不太激动人心的结果。

从 2002 年 11 月至 2008 年 7 月，所有的 BMC 期刊得到来自 753 个用户针对 732 篇文章的累计 945 个评论。BMC 总共出版了 37916 篇文章，所以只有 ~2% 的文章得到了评论。

有三分之一的评论来自作者自己：提供补充材料，指出文中的错误，或者回答别人的评论。只有 8% 的人评论了不只 1 篇文章。

那评论的内容都是些什么呢？看下图：

虽然评论数量稀少，不过自然出版社的帖子指出，评论的质量还是不错的，多数对文章有所助益。“沙发、板凳”类评论只占到 8 %。

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这个结果不太激动人心，但也不意外，很容易理解的。

1、只有作者才会觉得有义务去更正错误，回复读者的评论，等等。
2、要评论一篇学术论文，需要花很多精力（不然审稿人们为什么老会拖很久才递交报告呢？），不像回复 blog/论坛帖子那么容易。
3、如果真地对某篇文章非常有兴趣，并且有想法，人们可能也不会评论，因为要保密。
...

Les Cottrell 文，葛韶锋 译
译文链接，原文链接

当我在英国上高中的时候，我最喜欢的一门课是地理和地质学（Geography／Geology）。但因为害怕要在没有人烟的野外寻找石油、而且很难遇到异性，我最终转向了物理学。从那时候开始，我获得了一个核物理（Nuclear Physics）方面的博士学位并转向高能物理（High-Energy Physics）、随后又从事计算和网络方面的工作。最近我负责分布于全世界一百二十多个国家的服务器站点的网络性能，我在地理学方面的知识看来并没有完全被浪费。

我第一次访问发展中国家是在1991年初，当时我受邀参加在斯坦福直线加速器中心（SLAC：Stanford Linear Accelerator Center）召开的会议，期间和中国的物理学家们讨论在北京高能物理研究所（IHEP: Institute of High Energy Physics）建立计算和网络系统的可能性。我之前只是去东京参加过一次会议，虽然从没有到过中国，我还是被邀请去中国建立中国高能物理研究所和斯坦福直线加速器中心之间的网络联接。由于我不大清楚自从两年前发生天安门事件之后中国国内的局势如何、而且我对应该怎样完成这项工作没有底，我和斯坦福直线加速器中心的荣誉退休主管Pief Panofsky见了一面。和他的谈话非常鼓舞人心，他指出了便利的网络设施对于高能物理学研究以及中美两国高能物理学合作具有的重要意义。

王鸿飞有一篇 blog 叫：发表是硬道理。的确，如果要在学术圈里混，而且想混得像个人样，发表是第一重要。除非哪一天撒手不干，走人去工业界或者找其它出路（其实也不赖）。

他的帖子里提到一个程序 Publish or perish，一款以 Google Scholar 为基础的学术引文分析软件。觉得好玩，下载下来试了试，发现重名是个大问题。：）

我想如果有人能把它做成在线版本，作成一个网络服务，应该会很热门的。:D

（来自科学松鼠会，作者为桔子帮小帮主）

四年前，《自然》杂志顾问编辑Philip Ball在《属于大家的好东西》一文中对“众人拾柴式”科研略作总结，在他的三种模型中，大家的才智汇集在一起用于科学研究，再复杂的事实和再细小的错误也不在话下。不过科研也不能白拿好处，作为交换，它必须付出的酬劳是信息开放。展望毕竟只是纸上谈兵，时至今日，下到亲手操作实验的学生，上至实际掌管科研大权的教授，科学界仍对这一理念各执一词。我们在这条路上走出了多远，科学研究对更多人敞开究竟是大势所趋还是个人的乌托邦？

“万众瞩目”下的科研

在历史上，天文曾是最寂寞的学科，天文学家独立计算和观测，漫漫等待才换来零星发现。今天，恐怕再没有一个学科有天文学这样的阵容，全世界志愿者的眼睛已为各种空间搜索计划盯住寥廓空宇，组成一个名副其实的“人肉搜索引擎”。这便是Ball开篇第一模型——“大众分析”。天文学家何以让这么多人心甘情愿地免费工作？诀窍显而易见，第一手科研图片亮出来共享，最终发现权还为志愿者拱手献上。维基百科是另一个众人参与众人获益的资源——每个人都不是万事通，但全世界人一番“七嘴八舌”，最终你握在手里便是一份了得的智慧。

Public Knowledge Project（公共知识项目）是北美（主要是加拿大）一些大学机构的合作项目，目的是探索新技术是否以及如何改进学术研究的专业和公共价值，blah blah blah ⋯⋯ 这些只是套话，我只是想提一下它开发的开源项目之一： Open Journal Systems（OSJ 开放期刊系统）。它是一个期刊管理以及发布系统，提供从投稿，审稿，到在线发表以及索引，同行评议期刊整个发行过程的解决方案。

OJS Features

1. OJS is installed locally and locally controlled.
2. Editors configure requirements, sections, review process, etc.
3. Online submission and management of all content.
4. Subscription module with delayed open access options.
5. Comprehensive indexing of content part of global system.
6. Reading Tools for content, based on field and editors' choice.
7. Email notification and commenting ability for readers.
8. Complete context-sensitive online Help support.

因此，如果有搞一份比较正规的学术杂志的想法，至少软件是有了。虽然这种正规的学术期刊体系不够二（就是 2.0），但 OSJ 降低了创办学术期刊的成本，正如开源 blog 软件降低了个人网络出版的门槛，开放期刊系统对于推动开放获取，开放科学，等等科学 2.0 想法应当是有价值的。学术出版不应当只为少数几个出版机构掌握。

注：为简单明了，我的‘盲人摸象’故事中的人物精简为甲乙丙丁戊5个。其中，甲乙丙丁是4位盲人，从来没有‘见过’大象；戊拥有正常的视力。

甲摸到了大象的躯干，很肯定地说：“大象长得跟一堵墙似的！”
乙摸到了大象的腿，说：“哪里，大象明明是一根很粗的柱子嘛！”
丙摸着大象的尾巴说：“你们俩都错了，大象跟笤帚一样！”
丁首先来到甲的身边摸到了大象的躯干，“恩，甲是对的，大象是堵墙，”丁说。随后他又来到乙的身边摸到了大象的腿，“奇怪，大象怎么变成柱子了？”丁纳闷道。最后他来到了丙的身旁，摸着大象的尾巴，大叫道：“真见鬼，大象怎么又变成笤帚样子了！”沉思了半天，最后丁拍了拍脑门，说：“几位，我明白了，大象可以是墙，可以是柱子，也可以是笤帚，这取决于观察者的位置，根据量子力学物质的波粒二象性，大象可能具有墙／柱子／笤帚三象性！”
戊站在旁边，看着大象，告诉甲乙丙丁：“几位兄弟，大象不是你们摸到的那个样子，他是＃￥％＆＃＠＃。”
甲乙丙丁并不相信戊的话，他们认为自己亲手摸到的才是真实的，于是大家争论不休。经过一番商讨，他们决定采用“民主”的方式——投票来决定到底谁是错的。最终票数结果：甲／3票（乙丙戊各投一票认定甲是错的）；乙／3票（甲丙戊各投一票认定乙是错的）；丙／3票（甲乙戊投）；丁／1票（戊投，甲乙丙弃权）；戊／4票（甲乙丙丁投）
最终，“民主”也未能解决到底谁是正确的，但是认定了戊是错的。